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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001639

染色体: Chr06 坐标: 18480260-18482161 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001639
名称SmilChr06G001639
描述uncharacterized SmilChr06G001639
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向18480260 - 18482161 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990603
GeneID130990603
locus_tag-
NCBI NameLOC130990603
原始查询SmilChr06G001639

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990603

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057770811.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770811.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057770811.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057770811.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770811.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:18480285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B24,B46
Chr6:18480294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B67,C63,C9
Chr6:18480312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr6:18480325 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B69,C74
Chr6:18480779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,C28,C63
Chr6:18480834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B48,C22,C32,C44,C5
Chr6:18480855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B48,C22,C44,C5
Chr6:18480880 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 18 B122,B123,B128,B18,B37,B59,B6,B87,B88,B89,B9,B91,C3,C50,C54,C67,C69,C84
Chr6:18480906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B96,C77
Chr6:18480919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A23,B105,C23,C9
Chr6:18480931 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 39 A18,A3,B107,B123,B128,B135,B136,B18,B23,B24,B25,B27,B33,B37,B39,B58,B59,B6,B73,B88,B89,B91,C19,C2,C3,C37,C50,C53,C54,C55,C6,C61,C62,C67,C75,C8,C84,D4,D9
Chr6:18480963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B57,B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914828.1
ATGCGTCGTACCAGGAGTACAGGTAACGAAGATCTCTTGTTTAACGAGGAGGTTGAGAGACTTGCTCGACAGAACAACGCTGCTAGACGCAGGGCAGAGCAAGAGGCACAAGCCAGAGAGAGACAGTTACAAACCAGAGAGAGGCAGAGAGTAGCAGAGGGAGAGATGGCGGATAATCCAGAGGGGCAGAATGCCAATGCAAACAAAACACTCCGAGACATGATGTTTCCAAGCAACCTGAACCTCCGGCCCTCAGCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990603
ATGCGTCGTACCAGGAGTACAGGTAACGAAGATCTCTTGTTTAACGAGGAGGTTGAGAGACTTGCTCGACAGAACAACGCTGCTAGACGCAGGGCAGAGCAAGAGGCACAAGCCAGAGAGAGACAGTTACAAACCAGAGAGAGGCAGAGAGTAGCAGAGGGAGAGATGGCGGATAATCCAGAGGGGCAGAATGCCAATGCAAACAAAACACTCCGAGACATGATGTTTCCAAGCAACCTGAACCTCCGGCCCTCAGCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770811.1
MRRTRSTGNEDLLFNEEVERLARQNNAARRRAEQEAQARERQLQTRERQRVAEGEMADNPEGQNANANKTLRDMMFPSNLNLRPSAIVLPEITGNWELKHTLIQILPKYSDMPGEDPQRHLQDFEMACGTVRTASPALGEYIRLLTFPFSLLEGAREWLYDLPEGSIRTWQELQSKFLERYFPAARIQNLRTRISNIKMGSAEVLYEYWGRFKQMLAKCPQHQIPDHDLIRYFVGGLRRQDRQWLHAACGGSILNKSAAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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