Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001656`

染色体: Chr06 坐标: 18815861-18816823 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001656`
名称	SmilChr06G001656
描述	alpha-1,3-arabinosyltransferase XAT2-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	18815861 - 18816823 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990606`
GeneID	`130990606`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990606`
原始查询	`SmilChr06G001656`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	alpha-1,3-arabinosyltransferase XAT2-like
产物	alpha-1%2C3-arabinosyltransferase XAT2-like
Arabidopsis	`AT3G18180` (AT3G18180) Glycosyltransferase family 61 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821345] identity=45.2; qcov=1.01; evalue=6.42e-91; confidence=high
Rice	`Os02g0135500` (P0585B01.29-1) - identity=44.8; qcov=0.956; evalue=7.45e-96; confidence=medium
GO	GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04577 (Glyco_transf_61)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990606

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057770813.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057770813.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770813.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770813.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770813.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:18815870`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr6:18815924`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B131,C43
`Chr6:18815924`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C43
`Chr6:18815925`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C13
`Chr6:18815980`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr6:18815986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B24,B46,C30,C38
`Chr6:18816055`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr6:18816149`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C36,D3
`Chr6:18816268`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C30
`Chr6:18816274`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr6:18816288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,C71
`Chr6:18816293`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770813.1

320 aa

160

320

Glyco_transf_61

PF04577 Glyco_transf_61 123-228 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770813.1`	Pfam	`PF04577`	Glyco_transf_61	Family	123	228	1.3e-12	48.9	Glycosyltransferase 61

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914830.1
ATGAGAAAGGTCAGAAACCTCAAAATAACTAATCAAAACCCTAACACCACCCCACCTTGCAGCCGAAGATTCACCGCCCCGGCCGTCGTCTTCTCTGCCAAAGGCTACACCGGAAACCCCTTCCACGACTTCACCGACGTGCTCATCCCACTCTACCTCACCTCTCAACCATTCAACACCACAGTAATCTTCCTCGTCACCAACATCAACTCATGGTGGATTTCCAAGTACAAACCAATCCTAAACATGCTCTCCAAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990606
ATGAGAAAGGTCAGAAACCTCAAAATAACTAATCAAAACCCTAACACCACCCCACCTTGCAGCCGAAGATTCACCGCCCCGGCCGTCGTCTTCTCTGCCAAAGGCTACACCGGAAACCCCTTCCACGACTTCACCGACGTGCTCATCCCACTCTACCTCACCTCTCAACCATTCAACACCACAGTAATCTTCCTCGTCACCAACATCAACTCATGGTGGATTTCCAAGTACAAACCAATCCTAAACATGCTCTCCAAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770813.1
MRKVRNLKITNQNPNTTPPCSRRFTAPAVVFSAKGYTGNPFHDFTDVLIPLYLTSQPFNTTVIFLVTNINSWWISKYKPILNMLSKYDLIDLDNQDDVLCFPRIIVGLKSHKELGIDQSMPPNYSTADFTKFLRKTYSLERGRLVGGCKDKRRRPRLLIVSRQKTRRLRNEYEVAELARSVGFDVRVREMGWHVSLVAKFVNSFDVMVGVHGAGITNMVFLPENAVVIQIVPIGLEGPSRTYFEIPSKDMKLRHLEYKVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器