当前解析结果
SmilChr06G001660| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001660 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001660 |
| 描述 | probable protein phosphatase 2C 8 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 18875628 - 18881369 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990318 |
|---|---|
| GeneID | 130990318 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990318 |
| 原始查询 | SmilChr06G001660 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable protein phosphatase 2C 8 |
| 产物 | probable protein phosphatase 2C 8 |
| Arabidopsis | AT1G18030 (AT1G18030)Protein phosphatase 2C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838383] identity=67.6; qcov=1.01; evalue=3.01e-164; confidence=high |
| Rice | Os09g0314400 (OsPP2C67)- identity=66.1; qcov=0.994; evalue=2.06e-160; confidence=high |
| GO | GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00481 (PP2C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990318 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770520.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057770520.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057770520.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770520.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770520.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:18876685 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,C42 |
Chr6:18877211 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr6:18877227 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr6:18881315 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770520.1PF00481
PP2C 67-322 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770520.1 |
Pfam | PF00481 |
PP2C | Family | 67 | 322 | 4.7e-54 | 184.5 | Protein phosphatase 2C |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。