当前解析结果
SmilChr06G001662| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001662 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001662 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G001662 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 18919872 - 18922456 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990321 |
|---|---|
| GeneID | 130990321 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990321 |
| 原始查询 | SmilChr06G001662 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF599) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821349]; symbol=AT3G18215; hit=AT3G18215; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF599) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821349]; symbol=AT3G18215; hit=AT3G18215; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G18215 (AT3G18215)transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF599) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821349] identity=60.9; qcov=0.952; evalue=1.65e-96; confidence=high |
| Rice | Os02g0292800- identity=50.4; qcov=0.936; evalue=1.84e-72; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04654 (DUF599) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990321 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.80000 | XP_057770521.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057770521.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057770521.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770521.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770521.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:18920152 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,D10,D11 |
Chr6:18920268 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B109,B119,B72,C20 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770521.1PF04654
DUF599 28-225 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770521.1 |
Pfam | PF04654 |
DUF599 | Family | 28 | 225 | 1.2e-63 | 215.1 | Protein of unknown function, DUF599 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。