Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001667`

染色体: Chr06 坐标: 18942335-18943303 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001667`
名称	SmilChr06G001667
描述	uncharacterized SmilChr06G001667
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	18942335 - 18943303 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990607`
GeneID	`130990607`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990607`
原始查询	`SmilChr06G001667`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=24.9; qcov=0.537; evalue=4.82e-17; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990607

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057770815.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057770815.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770815.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770815.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770815.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:18942352`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr6:18942357`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr6:18942375`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C9
`Chr6:18942419`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	22	A21,B103,B104,B105,B112,B120,B121,B129,B139,B19,B36,B48,B86,B91,C16,C17,C30,C44,C54,C76,C9,D9
`Chr6:18942446`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr6:18942461`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,C14,C22,C56
`Chr6:18942479`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr6:18942491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr6:18942535`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B122
`Chr6:18942591`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr6:18942599`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr6:18942613`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,C18,C63,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914832.1
ATGTTGCCTGCTTACGGGCTCCGCATTCTTCATCCCAAGAGAGAGGGAGATATTGTTACTCTATCGGTGCCAAAATCTGAATACCAAAAAAAACTTGATGAGTTTCAGTTCGCTCTGATCGGAAGGCTTATCCAACGTAAAGGCGACAGGCCGCGTGCGTTTTCGGATCTCACCCAAGAGCTTCAGACTATTTGGCAATGCTTTGACTGCCAATTTGTGCCCATGGCTAAGGGCTTCTTTGTCGTCAAATTTCCTACGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990607
ATGTTGCCTGCTTACGGGCTCCGCATTCTTCATCCCAAGAGAGAGGGAGATATTGTTACTCTATCGGTGCCAAAATCTGAATACCAAAAAAAACTTGATGAGTTTCAGTTCGCTCTGATCGGAAGGCTTATCCAACGTAAAGGCGACAGGCCGCGTGCGTTTTCGGATCTCACCCAAGAGCTTCAGACTATTTGGCAATGCTTTGACTGCCAATTTGTGCCCATGGCTAAGGGCTTCTTTGTCGTCAAATTTCCTACGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770815.1
MLPAYGLRILHPKREGDIVTLSVPKSEYQKKLDEFQFALIGRLIQRKGDRPRAFSDLTQELQTIWQCFDCQFVPMAKGFFVVKFPTLEEKKKVKANSSIQLSAGHVRFREWTRYFDPYKEVSSLAQIWVRVYYLPVELWTPVIIAGIGRALGHPLRIDNASAIGHVGHFARILVEIDMALPILNSMYVDDGDNSFYIEFSFESMPLFCSRCKLTGHSTDKCRKLVKDKDKQKIVEGSKEQDMQNAVTTVTKGDFLKPAWQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器