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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001675`

染色体: Chr06 坐标: 19018921-19023592 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001675`
名称	SmilChr06G001675
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RDUF2-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	19018921 - 19023592 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990334`
GeneID	`130990334`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990334`
原始查询	`SmilChr06G001675`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RDUF2-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase RDUF2-like
Arabidopsis	`AT1G73760` (AT1G73760) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843711] identity=45.5; qcov=0.931; evalue=4.09e-77; confidence=high
Rice	`Os05g0550000` (OsRFPH2-20) - identity=44.1; qcov=0.684; evalue=1.09e-52; confidence=medium
GO	GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990334

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057770533.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057770533.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057770533.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770533.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770533.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:19019760`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,C42
`Chr6:19022913`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B31
`Chr6:19022913`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B31
`Chr6:19023247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr6:19023366`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770533.1

361 aa

180

361

zf-rbx1

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

PF12678 zf-rbx1 303-350 aa PF13923 zf-C3HC4_2 308-349 aa PF13639 zf-RING_2 308-350 aa PF13445 zf-RING_UBOX 309-347 aa PF00097 zf-C3HC4 309-349 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770533.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	303	350	3.7e-10	40.6	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057770533.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	308	349	3.7e-08	33.7	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057770533.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	308	350	7.2e-14	52.5	Ring finger domain
`XP_057770533.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	309	347	2.3e-06	28.2	RING-type zinc-finger
`XP_057770533.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	309	349	3.1e-07	30.8	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914550.1
CTATAAAGTAGGAATCCATGGACTTTGCTTGTTTCGCTTTCTCCTTCTTAGCTCTTAGCTCTTAGCTCTTAGCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCACCTCCTTTTCTGATTCACAAAATTCCATTCCTGAATTTCCACAAACACCCCCCACCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTTACGCACACACGCAAATCCTCTCTCCTCTCTCTCTCACACACGCAGAGACAGACAGAGAGCTTCTTTTCTACTTCAGAAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990334
ATGCCTACAGCGGCGGCGGAAAACTTATCCACGGCCGAACAAATCCGCCACAGAAAGCCCAGAATTCCGGACACAGATCCGAATTCCAACCGCCCCAAAACCACCATTTCGTCAATCCTCCTCTCCTCCAGCCCCACCTCCGACGCCGCCTACAAGAAGAAGAACTTCTCGTCGGCCACATTCCGCGGGCTCGGCTGCGCCGCCTCGTCGCAGGTGTCGGTACCCGCGGTCATAAGGACTTCGGCCAATTGGGAGGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770533.1
MPTAAAENLSTAEQIRHRKPRIPDTDPNSNRPKTTISSILLSSSPTSDAAYKKKNFSSATFRGLGCAASSQVSVPAVIRTSANWEAKKLKKKRLKTKKSGNDQQPLIHGSSAANPPLQSPSLSLALSSSCVGAPDVWCGAGMGLSTDAASVDCVVSRRPSRGKVDVNDRINSVAPRERSYNVRRMVTPEDNPFLESDSSVGIARIRSDVSGSRHHRHVRHGFRDGLAEIVMLQSSLLMGGRSDGLDRYRDLRLDTDNMSY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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