当前解析结果
SmilChr06G001690| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001690 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001690 |
| 描述 | protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 19261291 - 19278693 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990346 |
|---|---|
| GeneID | 130990346 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990346 |
| 原始查询 | SmilChr06G001690 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 7-like |
| 产物 | protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 7-like |
| Arabidopsis | AT1G49030 (AT1G49030)PLAC8 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841326] identity=55.8; qcov=0.639; evalue=3.53e-56; confidence=high |
| Rice | Os03g0830400 (OSJNBb0027B08.17)- identity=51.3; qcov=0.463; evalue=1.76e-40; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04749 (PLAC8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990346 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057770550.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770550.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770550.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770550.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770550.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:19261559 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,B82 |
Chr6:19261657 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,B9 |
Chr6:19261801 |
A |
ACC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | A15,B9,C23,C38 |
Chr6:19261801 |
A |
ACC |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | A15,B9,C23,C38 |
Chr6:19261822 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr6:19273260 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,C42 |
Chr6:19273277 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:19278450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,B9,C23,C38 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770550.1PF04749
PLAC8 108-206 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770550.1 |
Pfam | PF04749 |
PLAC8 | Family | 108 | 206 | 4.5e-30 | 105.3 | PLAC8 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。