Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001692`

染色体: Chr06 坐标: 19312106-19321339 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001692`
名称	SmilChr06G001692
描述	uncharacterized SmilChr06G001692
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	19312106 - 19321339 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990348`
GeneID	`130990348`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990348`
原始查询	`SmilChr06G001692`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	heat-inducible transcription repressor (DUF639) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841306]; symbol=AT1G48840; hit=AT1G48840; species=arabidopsis; confidence=high
产物	heat-inducible transcription repressor (DUF639) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841306]; symbol=AT1G48840; hit=AT1G48840; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G48840` (AT1G48840) heat-inducible transcription repressor (DUF639) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841306] identity=61.6; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0127700` - identity=57.3; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04842 (DUF639)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990348

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057770551.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057770551.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057770551.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770551.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770551.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:19312306`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B16,B47,C46
`Chr6:19312363`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr6:19312456`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:19314436`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B52,B57
`Chr6:19315689`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr6:19316199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B26,C42
`Chr6:19316200`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr6:19316419`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr6:19316455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B26,C42
`Chr6:19316579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr6:19317189`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr6:19318667`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B26,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770551.1

693 aa

346

693

DUF639

PF04842 DUF639 459-685 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770551.1`	Pfam	`PF04842`	DUF639	Family	459	685	6.2e-79	265.4	Plant protein of unknown function (DUF639)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914568.1
GCAATTTTGAGTCCTATCTGGCCCCACCAACTACCATACCTTACTTTCATCTTTCCCGTCATAATTCTCAATCCTCCGCCATTCCCCTCTTTATAATCCTTGATTTTGCTTTAATTCTTTGCCCAAAAGAGACCATTAAAGAGTTCTCCACCTCCGACCAGCCAGCCGAATGCTTGCAGTTGCTGCACCAGTCTCATTTAAATATGTAAAAACTCGAGGTTTTTAAAATGCGGATTAGAAAGTGAAAGTGACAATAATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990348
ATGGCCATGGTGAGCAAAACTCGAAATATGTTGGAGGGTCTAGTGAAAGAAGGGTCATTCAAGTGGCTGACTAAAAGGCAAAGTGTCTTCGATGAAGACATTGAGGATATGGAAAGGTCTCCGTCTGCCGGGAAAAACTGGCTCCCGGAGCTCTCCCTTACGGCAAATGTTGTCGTCCGCAGATGCTCCAAAATCCTTGGCCTTTCTTTGTGCCAACTTCGAGAAAACTTTGATGCAGAGGCTTCTGATTTTTTAAAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770551.1
MAMVSKTRNMLEGLVKEGSFKWLTKRQSVFDEDIEDMERSPSAGKNWLPELSLTANVVVRRCSKILGLSLCQLRENFDAEASDFLKHQSSFARNFLEYCCFLALAWSIHVNGYLDDKKFRRLTFDMMVAWEFPETSSEPYLHVDDDVTVGIEAFSRIAPAVPVVADVVVSDKIFEVLAASSSNRLHFSVYDKYLIRLERAIRRFQSQSESSLLSSIRSGRREKILEVDGTVTTQPVLEHVGTSIWPGRLTLTDHALYFEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器