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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001714`

染色体: Chr06 坐标: 19736709-19742525 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001714`
名称	SmilChr06G001714
描述	diaminopimelate epimerase, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	19736709 - 19742525 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990365`
GeneID	`130990365`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990365`
原始查询	`SmilChr06G001714`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	diaminopimelate epimerase, chloroplastic-like
产物	diaminopimelate epimerase%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT3G53580` (AT3G53580) diaminopimelate epimerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824526] identity=78; qcov=0.883; evalue=0; confidence=high
Rice	`-` -
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0008837 (diaminopimelate epimerase activity); GO:0009089 (GO:0009089)
KEGG	smil00300 (Lysine biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00470 (D-Amino acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01678 (DAP_epimerase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990365

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057770569.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057770569.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770569.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770569.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770569.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:19736948`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B1,B14,B59
`Chr6:19736948`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B1,B14,B59
`Chr6:19737948`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr6:19737981`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,A4,B105,C33
`Chr6:19738017`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr6:19738657`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B4,B77,C18,C63
`Chr6:19740008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr6:19740037`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B132,B8,C3,C7
`Chr6:19740050`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770569.1

385 aa

192

385

DAP_epimerase

PF01678 DAP_epimerase 78-198 aa PF01678 DAP_epimerase 232-322 aa

XP_057770570.1

360 aa

180

360

DAP_epimerase

PF01678 DAP_epimerase 78-198 aa PF01678 DAP_epimerase 232-353 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770569.1`	Pfam	`PF01678`	DAP_epimerase	Domain	78	198	2.8e-66	221.8	Diaminopimelate epimerase
`XP_057770569.1`	Pfam	`PF01678`	DAP_epimerase	Domain	232	322	2.8e-66	221.8	Diaminopimelate epimerase
`XP_057770570.1`	Pfam	`PF01678`	DAP_epimerase	Domain	78	198	8.4e-70	233.2	Diaminopimelate epimerase
`XP_057770570.1`	Pfam	`PF01678`	DAP_epimerase	Domain	232	353	8.4e-70	233.2	Diaminopimelate epimerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914587.1
CTTTGATTCTGGCTATCCGCTCCTTCGCAGGCAGCGGCGTGGTGGACTGCATGGAGTTCTTGGCCGTGGGCAGCACCGAAACGACGCGGCGTGAAGCCAACGCTGACTGCGTGTGCGATGCCTTCCAATTTTGTCGACATGTCTAGGGCTCACGTGTTGCCTTTGGTTTGTGGAGTTGATGCACCTCCTTCCACCAACTGCTATGTTGGTGCTCCGCCATCCGCCATCTCAGCACCACCGTTCACTTCATCCATCTCTCT...

XM_057914586.1
TTTACATTTTTAGTAAGTCCAATAAGATGATATTCCGCCCTTTTTCTACTTTCACACTTTTGAATAGCTCTTCCCTTTCTCCTTTCTCGAAAGTCGCCGACGACAATGTCGATTGCCGCCGCCATAACGCTGCCGCCAACCGCTGTTAAACATCGCTCTCTATCATCACCATCTCCTTCTCTTTGGCTCTCATCTTCATCATTTCAGCCGCCGAAGAATCTCCCGTCCGTCGCCATCTCAGCTAATCTCCGAGTTTTCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130990365
ATGTCGATTGCCGCCGCCATAACGCTGCCGCCAACCGCTGTTAAACATCGCTCTCTATCATCACCATCTCCTTCTCTTTGGCTCTCATCTTCATCATTTCAGCCGCCGAAGAATCTCCCGTCCGTCGCCATCTCAGCTAATCTCCGAGTTTTCTCTTCCATGAGCATTCAGGCTCCGCAAAAGGCCTCCGCGACATCGTTTCTCGATCACAAGGAAAGCGGAATTCTTCATTTCGTCAAGTACCACGGACTCGGCAACGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057770569.1
MSIAAAITLPPTAVKHRSLSSPSPSLWLSSSSFQPPKNLPSVAISANLRVFSSMSIQAPQKASATSFLDHKESGILHFVKYHGLGNDFILIDNRDSEEPKITTKQAVKLCDRNFGIGADGVIFALPGTNGTDYTMRIFNSDGSEPEMCGNGVRCFARFIAELENLHGKKSFNVHTGAGLIVPEIQEDGKVRVDMGQPILEASDVPTKLTANKDRAAVKAKLDVDGLVWNVTCVSMGNPHCVTFGTESCNDLQVDELNLAE...

XP_057770570.1
MSIAAAITLPPTAVKHRSLSSPSPSLWLSSSSFQPPKNLPSVAISANLRVFSSMSIQAPQKASATSFLDHKESGILHFVKYHGLGNDFILIDNRDSEEPKITTKQAVKLCDRNFGIGADGVIFALPGTNGTDYTMRIFNSDGSEPEMCGNGVRCFARFIAELENLHGKKSFNVHTGAGLIVPEIQEDGKVRVDMGQPILEASDVPTKLTANKDRAAVKAKLDVDGLVWNVTCVSMGNPHCVTFGTESCNDLQVDELNLAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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