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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001718

染色体: Chr06 坐标: 19796347-19799908 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001718
名称SmilChr06G001718
描述uncharacterized SmilChr06G001718
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向19796347 - 19799908 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990623
GeneID130990623
locus_tag-
NCBI NameLOC130990623
原始查询SmilChr06G001718

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=31.1; qcov=0.189; evalue=1.07e-16; confidence=weak
RiceOs06g0484800
-
identity=36.8; qcov=0.166; evalue=2.38e-21; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990623

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770826.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057770826.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057770826.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770826.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770826.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:19796458 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B53
Chr6:19796458 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B53
Chr6:19796472 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C83
Chr6:19796472 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 C83
Chr6:19796474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr6:19796477 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C76,C84
Chr6:19796509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr6:19796532 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B62,C4,C71
Chr6:19796556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B9,C44
Chr6:19796564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C47
Chr6:19796567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:19796636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C76,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914843.1
ATGGCTTATCCGGGTCTTTCTGTCGCCCAGGATCGGCCTCCGACTCCGAAAATTTCCTCCAACTTTGATCCTTCAAACATCGGTAAGTCTGCTGTTCCTTCAATTCATGCTAGGGTTACTCCTACGAGGGTTTCATCTGCTAGGGTTGAGTCACATGAAACACCACTTGTCACGACGGGGACTCCTTCAAACCCTAATCAGGATACAGGGAACTCTACTTTGAATCCGGTGGAAGAATTTCAGTTTGCTTTAATTGGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990623
ATGGCTTATCCGGGTCTTTCTGTCGCCCAGGATCGGCCTCCGACTCCGAAAATTTCCTCCAACTTTGATCCTTCAAACATCGGTAAGTCTGCTGTTCCTTCAATTCATGCTAGGGTTACTCCTACGAGGGTTTCATCTGCTAGGGTTGAGTCACATGAAACACCACTTGTCACGACGGGGACTCCTTCAAACCCTAATCAGGATACAGGGAACTCTACTTTGAATCCGGTGGAAGAATTTCAGTTTGCTTTAATTGGACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770826.1
MAYPGLSVAQDRPPTPKISSNFDPSNIGKSAVPSIHARVTPTRVSSARVESHETPLVTTGTPSNPNQDTGNSTLNPVEEFQFALIGRILLREGDKPRPYGDIKKELQDLWNIQGPWNLIPMGSIRLREWVKVFDPYREVSSLCHTWVRIYYLPVECWHPKVIIGINRHIGLPIKIDNASGAGQFGHFARILLEIDLALPLQESLLVNCDEGSFYVEFVYEQLPHYCTRCKITGHSLDKCKKAEQKDSKARNVTEEKPQPE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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