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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001730

染色体: Chr06 坐标: 19916315-19924103 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001730
名称SmilChr06G001730
描述thioredoxin domain-containing protein PLP3A-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向19916315 - 19924103 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990380
GeneID130990380
locus_tag-
NCBI NameLOC130990380
原始查询SmilChr06G001730

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述thioredoxin domain-containing protein PLP3A-like
产物thioredoxin domain-containing protein PLP3A-like
ArabidopsisAT5G66410 (PLP3b)
thioredoxin domain PLP3B-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836773]
identity=73.5; qcov=1.01; evalue=1.46e-119; confidence=high
RiceOs05g0255600
-
identity=74; qcov=1.01; evalue=1.01e-119; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF00085 (Thioredoxin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990380

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770584.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057770584.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770584.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057770584.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057770584.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:19916563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr6:19917417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr6:19917428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C17
Chr6:19917521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B139,B32,C4
Chr6:19917535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D11,D6
Chr6:19917869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr6:19917900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C42
Chr6:19917997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770584.1
243 aa
N
1
122
243
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 103-189 aa
XP_057770585.1
243 aa
N
1
122
243
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 103-189 aa
XP_057770586.1
243 aa
N
1
122
243
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 103-189 aa
XP_057770587.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770588.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770589.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770590.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770591.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770592.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770593.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770594.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770595.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770596.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770598.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770599.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770600.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
XP_057770601.1
228 aa
N
1
114
228
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 88-174 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770584.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 103 189 8.5e-07 29.6 Thioredoxin
XP_057770585.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 103 189 8.5e-07 29.6 Thioredoxin
XP_057770586.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 103 189 8.5e-07 29.6 Thioredoxin
XP_057770587.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770588.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770589.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770590.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770591.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770592.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770593.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770594.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770595.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770596.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770598.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770599.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770600.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin
XP_057770601.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 88 174 7.5e-07 29.8 Thioredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

17 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914606.1
TTTGTGTTTATAGCAGCCCATCATATCCTCTCTTTGTCTTTGTTGTTATCGAAAAAAAGTACTCTCATCGGCATCCAAAAAAACAGTGAGAATTAGTGCTGTCTAAATGGTTAACGGTCTACCCTAAGCGCGAGTCCAGTCCAGGCCGCTCCACCACTTCGCCGCGCCACGCCGCCGACCGTCTACCCGCCCGTCCGCCGCCCATAGATGAAGAGGCGGATCAATGAGTGGAAAACTCAACTGGCGAAGTAGATAAACTT...
XM_057914604.1
TATAGCAGCCCATCATATCCTCTCTTTGTCTTTGTTGTTATCGAAAAAAAGTACTCTCATCGGCATCCAAAAAAACAGTGAGAATTAGTGCTGTCTAAATGGTTAACGGTCTACCCTAAGCGCGAGTCCAGTCCAGGCCGCTCCACCACTTCGCCGCGCCACGCCGCCGACCGTCTACCCGCCCGTCCGCCGCCCATAGATGAAGAGGCGGATCAATGAGTGGAAAACTCAACTGGCGAAGTAGATAAACTTGGAGCTGA...

CDS

17 records

下载 CDS FASTA
LOC130990380
ATGGTAATATACTTTGATTTCAGCACTGAAATCAGTGAGACGGAAATGGACCCGGATTCAGTGAAATCGACTCTTTCTAATTTGGCTTTCGGCAATGTAATGGCTGCTGCAGCTCGCGATTACCAAAAGGATTTGCTGGCTCAAGGGAAAGCTAATGCATCAAGCTCTGTTAATAACGAAGTGGATCTAGATGAGCTTATGGATGACCCTGAGCTGGAGAAATTGCATGCTGACAGGATTGCGGCTCTTAAGAAAGAAGC...
LOC130990380
ATGGTAATATACTTTGATTTCAGCACTGAAATCAGTGAGACGGAAATGGACCCGGATTCAGTGAAATCGACTCTTTCTAATTTGGCTTTCGGCAATGTAATGGCTGCTGCAGCTCGCGATTACCAAAAGGATTTGCTGGCTCAAGGGAAAGCTAATGCATCAAGCTCTGTTAATAACGAAGTGGATCTAGATGAGCTTATGGATGACCCTGAGCTGGAGAAATTGCATGCTGACAGGATTGCGGCTCTTAAGAAAGAAGC...

Protein

17 records

下载 Protein FASTA
XP_057770584.1
MVIYFDFSTEISETEMDPDSVKSTLSNLAFGNVMAAAARDYQKDLLAQGKANASSSVNNEVDLDELMDDPELEKLHADRIAALKKEAEKRQKLTMQGHGEYREITEGDFLGEVTGSEKVICHFYHREFYRCKIMDKHLKSLAPRHFTTKFVKLDAENAPFFVAKLGIKTLPCVILFRNGVASDRLVGFQDLGGKDDFPTRKLELFLLKKGIIEEKKQDEEDDDHLEGKRTSVRTSVNTDSDSD
XP_057770585.1
MVIYFDFSTEISETEMDPDSVKSTLSNLAFGNVMAAAARDYQKDLLAQGKANASSSVNNEVDLDELMDDPELEKLHADRIAALKKEAEKRQKLTMQGHGEYREITEGDFLGEVTGSEKVICHFYHREFYRCKIMDKHLKSLAPRHFTTKFVKLDAENAPFFVAKLGIKTLPCVILFRNGVASDRLVGFQDLGGKDDFPTRKLELFLLKKGIIEEKKQDEEDDDHLEGKRTSVRTSVNTDSDSD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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