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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001743

染色体: Chr06 坐标: 20153502-20164577 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001743
名称SmilChr06G001743
描述paired amphipathic helix protein Sin3-like 2
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向20153502 - 20164577 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987392
GeneID130987392
locus_tag-
NCBI NameLOC130987392
原始查询SmilChr06G001743

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述paired amphipathic helix protein Sin3-like 2
产物paired amphipathic helix protein Sin3-like 2
ArabidopsisAT5G15020 (SNL2)
SIN3-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831354]
identity=53.4; qcov=1.06; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0109700
-
identity=50.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000118 (histone deacetylase complex); GO:0000122 (negative regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0000785 (chromatin); GO:0003714 (transcription corepressor activity); GO:0016575 (GO:0016575)
KEGG-
PfamPF02671 (PAH); PF08295 (Sin3_corepress); PF16879 (Sin3a_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987392

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766889.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766889.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766889.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766889.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057766889.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:20153970 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 8 A4,B109,B38,B72,C35,C61,C72,C86
Chr6:20153976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B2,D10
Chr6:20155076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B44
Chr6:20155123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr6:20156182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr6:20156223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr6:20156270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr6:20157583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr6:20159658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B9,C38
Chr6:20159713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr6:20159877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr6:20159948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B17,B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766889.1
1377 aa
N
1
688
1377
PAH
PAH
PAH
Sin3_corepress
Sin3a_C
C
PF02671 PAH 108-152 aa PF02671 PAH 193-237 aa PF02671 PAH 390-434 aa PF08295 Sin3_corepress 504-595 aa PF16879 Sin3a_C 1098-1345 aa
XP_057766890.1
1376 aa
N
1
688
1376
PAH
PAH
PAH
Sin3_corepress
Sin3a_C
C
PF02671 PAH 108-152 aa PF02671 PAH 193-237 aa PF02671 PAH 390-434 aa PF08295 Sin3_corepress 503-594 aa PF16879 Sin3a_C 1097-1344 aa
XP_057766891.1
1339 aa
N
1
670
1339
PAH
PAH
PAH
Sin3_corepress
Sin3a_C
C
PF02671 PAH 108-152 aa PF02671 PAH 193-237 aa PF02671 PAH 390-434 aa PF08295 Sin3_corepress 504-595 aa PF16879 Sin3a_C 1060-1307 aa
XP_057766892.1
1338 aa
N
1
669
1338
PAH
PAH
PAH
Sin3_corepress
Sin3a_C
C
PF02671 PAH 108-152 aa PF02671 PAH 193-237 aa PF02671 PAH 390-434 aa PF08295 Sin3_corepress 503-594 aa PF16879 Sin3a_C 1059-1306 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766889.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 108 152 1.2e-56 188.8 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766889.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 193 237 1.2e-56 188.8 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766889.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 390 434 1.2e-56 188.8 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766889.1 Pfam PF08295 Sin3_corepress Domain 504 595 4.9e-35 120.2 Sin3 family co-repressor
XP_057766889.1 Pfam PF16879 Sin3a_C Family 1098 1345 3e-44 152.3 C-terminal domain of Sin3a protein
XP_057766890.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 108 152 1.2e-56 188.8 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766890.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 193 237 1.2e-56 188.8 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766890.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 390 434 1.2e-56 188.8 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766890.1 Pfam PF08295 Sin3_corepress Domain 503 594 4.9e-35 120.2 Sin3 family co-repressor
XP_057766890.1 Pfam PF16879 Sin3a_C Family 1097 1344 3e-44 152.3 C-terminal domain of Sin3a protein
XP_057766891.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 108 152 1.1e-56 189.0 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766891.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 193 237 1.1e-56 189.0 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766891.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 390 434 1.1e-56 189.0 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766891.1 Pfam PF08295 Sin3_corepress Domain 504 595 4.7e-35 120.3 Sin3 family co-repressor
XP_057766891.1 Pfam PF16879 Sin3a_C Family 1060 1307 2.9e-44 152.4 C-terminal domain of Sin3a protein
XP_057766892.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 108 152 1.1e-56 189.0 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766892.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 193 237 1.1e-56 189.0 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766892.1 Pfam PF02671 PAH Repeat 390 434 1.1e-56 189.0 Paired amphipathic helix repeat
XP_057766892.1 Pfam PF08295 Sin3_corepress Domain 503 594 4.7e-35 120.3 Sin3 family co-repressor
XP_057766892.1 Pfam PF16879 Sin3a_C Family 1059 1306 2.9e-44 152.4 C-terminal domain of Sin3a protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089713.1
CGTAATAATAAGATACCTATTTCTCTCCCCCGGCATAAAACTCCAAAAAATTCTTGTAAAACTTACGAAATTCTTTCTAAATCCTTCACCTCTTTCATTTGATTTTGGTTTCTAGCTTCTATTTATTGTTTATTGCTGCGAACGGCGGTGGGGAGAGAGGGAAAATGGAAATAAATTAAGGAGAGAGGGTGCAAAACCAGAATTCTTGAACTATAACTGATTGTTGAGTTCTTGGCTGCTGAGTTTAGATCTGTTCACTT...
XM_057910908.1
GTAATAATAAGATACCTATTTCTCTCCCCCGGCATAAAACTCCAAAAAATTCTTGTAAAACTTACGAAATTCTTTCTAAATCCTTCACCTCTTTCATTTGATTTTGGTTTCTAGCTTCTATTTATTGTTTATTGCTGCGAACGGCGGTGGGGAGAGAGGGAAAATGGAAATAAATTAAGGAGAGAGGGTGCAAAACCAGAATTCTTGAACTATAACTGATTGTTGAGTTCTTGGCTGCTGAGTTTAGATCTGTTCACTTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130987392
ATGAAGCGTTTGCGGGATGATGTGTTTTTAAACCCTCAATTCAAGAGGCCATTTGGCTCTTCTTCTCGGGGAGAATCGTATGGGCTGCCAAATCCTCCTATAGCCGGTGGAGGTGGGGATGGGGTTGGTGTTGGAAGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGAGGAGGAGGTGGTGCTGGTGTCAGTGTTAATGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTAGCGGCAGTGGTACGGCTGTTACAGCTGGAGGTGCACAAAAGCT...
LOC130987392
ATGAAGCGTTTGCGGGATGATGTGTTTTTAAACCCTCAATTCAAGAGGCCATTTGGCTCTTCTTCTCGGGGAGAATCGTATGGGCTGCCAAATCCTCCTATAGCCGGTGGAGGTGGGGATGGGGTTGGTGTTGGAAGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGAGGAGGAGGTGGTGCTGGTGTCAGTGTTAATGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTAGCGGCAGTGGTACGGCTGTTACAGCTGGAGGTGCACAAAAGCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057766889.1
MKRLRDDVFLNPQFKRPFGSSSRGESYGLPNPPIAGGGGDGVGVGSGGGGGGGGGGGGGAGVSVNGGGGGGGSGSGTAVTAGGAQKLTTNDALSYLKDVKDMFQDQREKYDRFLDVMKDFKAQRIDTAGVIARVKELFKGHPKLILGFNTFLPKGYEITLTDEEEAPAKRTVEFEEAISFVNKIKKRFQNDDHVYKSFLDILNMYRKEHKGIKEVYEEVAALFEDHPDLLDEFTRFLPDTSSTVSAPQASFGRHSFHRYD...
XP_057766890.1
MKRLRDDVFLNPQFKRPFGSSSRGESYGLPNPPIAGGGGDGVGVGSGGGGGGGGGGGGGAGVSVNGGGGGGGSGSGTAVTAGGAQKLTTNDALSYLKDVKDMFQDQREKYDRFLDVMKDFKAQRIDTAGVIARVKELFKGHPKLILGFNTFLPKGYEITLTDEEEAPAKRTVEFEEAISFVNKIKKRFQNDDHVYKSFLDILNMYRKEHKGIKEVYEEVAALFEDHPDLLDEFTRFLPDTSSTVSAPQASFGRHSFHRYD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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