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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001752

染色体: Chr06 坐标: 20382491-20387362 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001752
名称SmilChr06G001752
描述protein MIS12 homolog
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向20382491 - 20387362 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987400
GeneID130987400
locus_tag-
NCBI NameLOC130987400
原始查询SmilChr06G001752

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein MIS12 homolog
产物protein MIS12 homolog
ArabidopsisAT5G35520 (MIS12)
minichromosome instability 12 (mis12)-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833516]
identity=46.1; qcov=0.809; evalue=1.82e-51; confidence=high
RiceOs02g0620100
-
identity=38.1; qcov=0.764; evalue=5.62e-29; confidence=medium
GOGO:0000070 (mitotic sister chromatid segregation); GO:0000278 (mitotic cell cycle); GO:0000775 (chromosome, centromeric region); GO:0005634 (nucleus); GO:0034501 (protein localization to kinetochore); GO:0051382 (kinetochore assembly)
KEGG-
PfamPF05859 (Mis12)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766904.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057766904.1
3 Centromere 着丝粒 1.00000 XP_057766904.1
4 Spindle Spindle 0.40000 XP_057766904.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766904.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:20383148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr6:20383608 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:20383645 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr6:20385072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B93,C17,C74
Chr6:20385112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr6:20385152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:20386571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr6:20387054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B101,B82,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766904.1
245 aa
N
1
122
245
Mis12
C
PF05859 Mis12 9-210 aa
XP_057766905.1
220 aa
N
1
110
220
Mis12
C
PF05859 Mis12 9-169 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766904.1 Pfam PF05859 Mis12 Family 9 210 3.2e-35 122.7 Mis12 protein
XP_057766905.1 Pfam PF05859 Mis12 Family 9 169 9.6e-32 111.3 Mis12 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910921.1
TCTTATTTTTGAATTTGAATACAAAAAAATTAATTAATTGCAAAATCGGTAAACCGTCCATTTTGAAAGGTTAATCGGTGGTTTCCAGCCAAAACCGTTGATTAACTGCTCAAAATCGATGATTTTCCGTTCCGACTAGGCCCGGACGTGACATCGAGGAGGAAAAAGTGCAACTAAACAAGACCAATTTCCTGATAACTCACTGGTGGCGGGAAAATAAAGGAATGGCTATCTCAATTTGAAAACACACCTTCACCAAA...
XM_057910922.1
AGGTTAATCGGTGGTTTCCAGCCAAAACCGTTGATTAACTGCTCAAAATCGATGATTTTCCGTTCCGACTAGGCCCGGACGTGACATCGAGGAGGAAAAAGTGCAACTAAACAAGACCAATTTCCTGATAACTCACTGGTGGCGGGAAAATAAAGGAATGGCTATCTCAATTTGAAAACACACCTTCACCAAACCAAACACTGCTCTCTCCACAAGAACTGGAAAAGGGAAATGGAAGGAGGTAGCAACAGCGAAGCCAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987400
ATGGAAGGAGGTAGCAACAGCGAAGCCATATTCGAATCATTAAATCTAGGTCCGCGGCTCTTCATGAATGAGGTTCTCAATGTTGTCGACGATCTGCTTGACGAGGCCTTCAAATTCTTCCTCCAAGAGGCTTCTGTGCGGCTGAAGACGGAGGACACCGATAGATCCGCCGAAGTGAGCAAGGGCGTCTCTTACATTCGGGATTTGATTCAATCGACTCTCGACCAGCGAATGCAGAAGTGGGAAGAATATTGCCTTCG...
LOC130987400
ATGGAAGGAGGTAGCAACAGCGAAGCCATATTCGAATCATTAAATCTAGGTCCGCGGCTCTTCATGAATGAGGTTCTCAATGTTGTCGACGATCTGCTTGACGAGGCCTTCAAATTCTTCCTCCAAGAGGCTTCTGTGCGGCTGAAGACGGAGGACACCGATAGATCCGCCGAAGTGAGCAAGGGCGTCTCTTACATTCGGGATTTGATTCAATCGACTCTCGACCAGCGAATGCAGAAGTGGGAAGAATATTGCCTTCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766904.1
MEGGSNSEAIFESLNLGPRLFMNEVLNVVDDLLDEAFKFFLQEASVRLKTEDTDRSAEVSKGVSYIRDLIQSTLDQRMQKWEEYCLRFCFSVPEGFLLPETNGSHGDDSVDLDALTDTEMDAQLNSLRDRLSLLGKESVELARELHALERQSLSSNQSSGSIDEALQLYKDHDASHMFRELTTIASELRTRLGNLKRKRVEETQRHRADKLKENHDHVLGLPCGKGIFGAELEEVEEFLDEIGTS
XP_057766905.1
MEGGSNSEAIFESLNLGPRLFMNEVLNVVDDLLDEAFKFFLQEASVRLKTEDTDRSAEVSKGVSYIRDLIQSTLDQRMQKWEEYCLRFCFSVPEGFLLPETNGSHGDDSVDLDALTDTEMDAQLNSLRDRLSLLGKESVELARELHALERQSLSSNQSSGSIDEALQLYKDHDASHMFRGVKDGSKDNYLIKLGALICSMIFSWPKLLLMCSLNPFIVLF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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