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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001765

染色体: Chr06 坐标: 20622925-20626645 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001765
名称SmilChr06G001765
描述uncharacterized SmilChr06G001765
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向20622925 - 20626645 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987419
GeneID130987419
locus_tag-
NCBI NameLOC130987419
原始查询SmilChr06G001765

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pfkB-like carbohydrate kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828871]; symbol=NARA5; hit=AT4G27600; species=arabidopsis; confidence=high
产物pfkB-like carbohydrate kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828871]; symbol=NARA5; hit=AT4G27600; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G27600 (NARA5)
pfkB-like carbohydrate kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828871]
identity=75.3; qcov=0.805; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0573000
-
identity=72.7; qcov=0.797; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016301 (kinase activity)
KEGG-
PfamPF00294 (PfkB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987419

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057766932.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057766932.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766932.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766932.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766932.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:20623233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B2,B33,C14,C27
Chr6:20623377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B69,C17,C30
Chr6:20623857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C36,C74
Chr6:20623944 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,B64,C50,C57
Chr6:20625021 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B97
Chr6:20625021 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B97
Chr6:20625028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:20625144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B72,B98
Chr6:20625980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr6:20626029 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 16 A1,A8,B100,B104,B132,B133,B47,B50,B55,C17,C4,C74,C83,C9,D10,D3
Chr6:20626095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C4,C83,D10
Chr6:20626337 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 1 B18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766932.1
473 aa
N
1
236
473
PfkB
C
PF00294 PfkB 168-442 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766932.1 Pfam PF00294 PfkB Domain 168 442 2e-38 133.2 pfkB family carbohydrate kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910949.1
TTGGATAAATATTTATTTTAACTAATTTTTAAATTGAAGTGAGATAAACAATTTTTTCTATGAATTTTTTAGATTAGAGTGAGTGATTAATAAAACATAAAAATTGAATTATAAGAGGGCCAAATATTAGAAAATTAGATTGTTGATAAAAGAATATTGAAAAAGAGGGGTAAAATGAGAGATAAATGGTTATGGGCGCGCAGTTGTGCGGTGGAGATTCCGAGTCTGGAGAGCAGGAGCAGGGTTCACGGCTTCTCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987419
ATGGCTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTCATCCTCCACAATCAGAAAATTCCCCCCTTTATCCGAACTTTCTTCTCCGTCTCCCGCTCTCAATTCATTCCCCCTTTTTAACCGGCCGCCCATTCGTTCCCATGGCCCCCCCACATGGTCTCTTCCTATCGTTTCCAAATCTAACTTTTCCTCCTCTTCTCCTTCTTCTATGTCGAGTAGCAGCGACGCCAGCTCTACGGATGGTCTGGTTGACGACAGTCGTTGTGGCTCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766932.1
MALSLFSLSSSTIRKFPPLSELSSPSPALNSFPLFNRPPIRSHGPPTWSLPIVSKSNFSSSSPSSMSSSSDASSTDGLVDDSRCGSEAGDLGVSDSDDDESPNTHAHPSPDNLPDRWQVLGLGQAMVDFSGMVDDEFLNRLGLEKGTRKVVNHEERGRVLRAMDGCSYKAAAGGSLSNTLVALARLGAQSIGGPSLNVAMAGSVGSDPLGEFYRSKLRRANVNFLSAPVKDGTTGTVIVLTTPDAQRTMLAYQGTSSRVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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