Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001767`

染色体: Chr06 坐标: 20641164-20645022 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001767`
名称	SmilChr06G001767
描述	uncharacterized SmilChr06G001767
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	20641164 - 20645022 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987407`
GeneID	`130987407`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987407`
原始查询	`SmilChr06G001767`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	EEIG1/EHBP1 protein amino-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821073]; symbol=AT3G01810; hit=AT3G01810; species=arabidopsis; confidence=high
产物	EEIG1/EHBP1 protein amino-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821073]; symbol=AT3G01810; hit=AT3G01810; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G01810` (AT3G01810) EEIG1/EHBP1 protein amino-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821073] identity=50.1; qcov=0.663; evalue=2.89e-158; confidence=high
Rice	`Os09g0487200` - identity=47.6; qcov=0.648; evalue=3.44e-149; confidence=high
GO	GO:0005643 (nuclear pore)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987407

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057766915.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766915.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766915.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766915.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766915.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:20641440`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,B50,B65,C49
`Chr6:20641449`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B38
`Chr6:20641453`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr6:20641471`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,B69,C17,C30
`Chr6:20641512`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,B69,C17,C30
`Chr6:20641722`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,C35,C8,D3
`Chr6:20641736`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	A10,B125,B13,B44,B85,C18,C35,C8,C82,C85,D3,D6
`Chr6:20641739`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	A10,B125,B13,B44,B85,C18,C35,C8,C82,C85,D3,D6
`Chr6:20641744`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	A10,B125,B13,B44,B85,C18,C35,C8,C82,C85,D3,D6
`Chr6:20641933`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr6:20642351`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,C26
`Chr6:20642373`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910932.1
CTCTCATCACTGTGACTGTGAGTGCTTTTCTTCTTCTTAATTCCTTGTCTTGTTAAATTTGTTGGGCATTCGTCTTCGAGTTTAGTATCTTCTCTTCTCCATATAATACGTATTACTGCATTCATATGATGATGTATGATGTATCCATTCCTAACTGCAGCATTTCATTCTCATACATTTATTGCTCCTTTGTTTTCGATTTTGAAGCTCTAACCGTTTCAGCTCCAACAATTTAAGCTTTCGACTCTGCGTGTGAATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987407
ATGGTTCTAGGTGTGAGTACCACAACCCAGAAAAGCCCTTCTTCACTTGAGTTTGACTATGTTGTTCATATAGTCGAGGTGAAGCCATGGCCCCCGTCTCTGTCTCTGAGAAGACTAGGCTCCGTTGTGATCCATTGGGAGCACAGTGACGGGGTCTGTGGCTTCACCAATCAAGCTGTGCCTGGAGATGGAAGAATTGAATTCAATGAATCTTTTGGAGTGAGGGAGACAACCAACAAGTGCATTGAGTTTAATCTTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766915.1
MVLGVSTTTQKSPSSLEFDYVVHIVEVKPWPPSLSLRRLGSVVIHWEHSDGVCGFTNQAVPGDGRIEFNESFGVRETTNKCIEFNLYEPRWDKGLKGQLLASVVLDLSAYGVITQDLSISAPIHCKRTYRNAAQPLLFLKLLPASSIRESVSSLMNDEYAEEASFTTHDHSSPNATSSLSDKKIAVNGSAKVGHEEQATESSSSLDLSSDIAWISRRVKSHSLQSSAMKEADKRQSERHKEEEGIVATGKRDSKIRLSSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器