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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001785

染色体: Chr06 坐标: 20882628-20896498 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001785
名称SmilChr06G001785
描述uncharacterized SmilChr06G001785
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向20882628 - 20896498 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990630
GeneID130990630
locus_tag-
NCBI NameLOC130990630
原始查询SmilChr06G001785

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770835.1
2 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057770835.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057770835.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770835.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770835.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:20883279 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 17 A13,B115,B123,B130,B41,B46,B61,B78,B85,B97,C10,C16,C22,C23,C56,C65,C9
Chr6:20883320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B127,B86,C76
Chr6:20883321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B68,C46
Chr6:20883464 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B122,B18,B98,C51
Chr6:20883464 AC A 1bp_deletion CDS_variant 4 B122,B18,B98,C51
Chr6:20883472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr6:20883556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,C27
Chr6:20883693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr6:20883733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B132,B89,B90,B92
Chr6:20883736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B114,B7,C54,C82
Chr6:20883750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,C8,D6
Chr6:20883758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914852.1
ATGGATACAGCAAGGCCACCAAATCCAGAAATCATCTTGCAAAATAAGCTGATAGAGGCCGAGGCCAAAGCTACAAAGTGGAGGAACCGAATGCTAAAAAAGGCAAAGTTATATCGTGAACATTTGGCTGAGAAAGCACGACGTGAAGCAGAAAAAGGCTCCTCTGTGAACAAAAAGGAAGGTGCAAATGTTGCAGATGCAAAAGTTAGCAAGGATAATAAAGATGGAGATCCAGAGGTTGCTGCTGGGGAACCTAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990630
ATGGATACAGCAAGGCCACCAAATCCAGAAATCATCTTGCAAAATAAGCTGATAGAGGCCGAGGCCAAAGCTACAAAGTGGAGGAACCGAATGCTAAAAAAGGCAAAGTTATATCGTGAACATTTGGCTGAGAAAGCACGACGTGAAGCAGAAAAAGGCTCCTCTGTGAACAAAAAGGAAGGTGCAAATGTTGCAGATGCAAAAGTTAGCAAGGATAATAAAGATGGAGATCCAGAGGTTGCTGCTGGGGAACCTAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770835.1
MDTARPPNPEIILQNKLIEAEAKATKWRNRMLKKAKLYREHLAEKARREAEKGSSVNKKEGANVADAKVSKDNKDGDPEVAAGEPRDVATPPIERKRTRSVTLSIIKEQLPRGKEKGVESSETNKSEGGTSTKRRRYTREEKGKGVEDTGKDGKKKSSIVKKKRRVVPNNPDDVKCKRRGRRDDKPREVDNIGE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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