当前解析结果
SmilChr06G001798| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001798 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001798 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G001798 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 21089106 - 21089585 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990632 |
|---|---|
| GeneID | 130990632 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990632 |
| 原始查询 | SmilChr06G001798 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990632 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770838.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057770838.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770838.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770838.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770838.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:21089121 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:21089129 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A19 |
Chr6:21089129 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A19 |
Chr6:21089159 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C55 |
Chr6:21089203 |
TG |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C36,C7 |
Chr6:21089232 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B1,B7 |
Chr6:21089232 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B7 |
Chr6:21089285 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A21,B108,B114,B22,B36,B91,B97,C28,C39,C53,C79,C82,D10 |
Chr6:21089295 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 34 | A14,A15,A4,B100,B107,B113,B120,B14,B29,B45,B46,B54,B59,B63,B65,B71,B72,B79,B80,B83,B9,C15,C16,C21,C24,C29,C38,C49,C50,C54,C57,C58,D2,D6 |
Chr6:21089327 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B27,B69,C71 |
Chr6:21089334 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,B69 |
Chr6:21089354 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,B69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770838.1PF31073
DUF8803 78-137 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770838.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 78 | 137 | 6.1e-08 | 33.1 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。