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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001811

染色体: Chr06 坐标: 21277090-21277815 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001811
名称SmilChr06G001811
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向21277090 - 21277815 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990634
GeneID130990634
locus_tag-
NCBI NameLOC130990634
原始查询SmilChr06G001811

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
ArabidopsisAT4G38180 (FRS5)
FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974]
identity=33.5; qcov=0.656; evalue=4.37e-18; confidence=low
RiceOs01g0852650
-
identity=32.6; qcov=0.726; evalue=7.38e-26; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF03101 (FAR1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990634

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770841.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770841.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770841.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770841.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770841.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:21277104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr6:21277134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr6:21277776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B24,B50,C63
Chr6:21277785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C56,C63,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770841.1
241 aa
N
1
120
241
FAR1
C
PF03101 FAR1 70-158 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770841.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 70 158 1.1e-17 65.2 FAR1 DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914858.1
ATGGTTATTGATTTGAATGTTACTGATGACGGATTTGATGATGAAGAAATTGAGAATGATTTTGAGGGCAATGAATGTAGCTTGTCTGAAGAGATTATAGAATCAGATCTCCATCTGGAGTTTGAGTCATATAAGGCAATAAGAAATGAACTTGGGGAAAAATTGCAGGTTGGTGTTGTTTATGATAGTTTGGATGTGATTTATATTTTGTACTTACAATATGGTGTTTTAAGTGGATTTAGTATTAAGAAGGGAAGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990634
ATGGTTATTGATTTGAATGTTACTGATGACGGATTTGATGATGAAGAAATTGAGAATGATTTTGAGGGCAATGAATGTAGCTTGTCTGAAGAGATTATAGAATCAGATCTCCATCTGGAGTTTGAGTCATATAAGGCAATAAGAAATGAACTTGGGGAAAAATTGCAGGTTGGTGTTGTTTATGATAGTTTGGATGTGATTTATATTTTGTACTTACAATATGGTGTTTTAAGTGGATTTAGTATTAAGAAGGGAAGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770841.1
MVIDLNVTDDGFDDEEIENDFEGNECSLSEEIIESDLHLEFESYKAIRNELGEKLQVGVVYDSLDVIYILYLQYGVLSGFSIKKGSQKRFDNSDDLRLKVYHCSCEGYPDNKRSVGRIACYKKQVSRTNCKARLRVVRGEEGLWTVTVFFNQHNHELVSPDQCYTLRSARQMSHAKKSVLDALRSVGIKISSAYRFMEKEAGGRPNVGFTKKDAYAHVNLSKKQTKLENGDHISPFFPFTF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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