Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001845`

染色体: Chr06 坐标: 21714028-21715165 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001845`
名称	SmilChr06G001845
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	21714028 - 21715165 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990641`
GeneID	`130990641`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990641`
原始查询	`SmilChr06G001845`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=28.8; qcov=0.915; evalue=3.88e-36; confidence=low
Rice	`Os02g0202800` (OJ1135_F06.10-2) - identity=28.9; qcov=0.958; evalue=9.01e-37; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990641

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770849.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057770849.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770849.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770849.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770849.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:21714038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,C63
`Chr6:21714041`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	66	A19,A24,A5,A7,A8,B105,B109,B115,B117,B122,B128,B13,B134,B136,B15,B17,B18,B23,B28,B29,B32,B41,B45,B46,B52,B59,B64,B70,B73,B77,B80,B81,B83,B84,B87,B9,C10,C13,C16,C18,C2,C24,C30,C32,C35,C36,C42,C43,C44,C5,C50,C53,C55,C56,C58,C59,C67,C68,C69,C70,C71,C76,C77,C8,C82,D4
`Chr6:21714046`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C22
`Chr6:21714114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr6:21714119`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B140,B33
`Chr6:21714119`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B140,B33
`Chr6:21714120`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B96
`Chr6:21714120`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B96
`Chr6:21714125`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B3,B78
`Chr6:21714127`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B16
`Chr6:21714132`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B96
`Chr6:21714133`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,B42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770849.1

307 aa

154

307

FAR1

MULE

PF03101 FAR1 24-118 aa PF10551 MULE 240-288 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770849.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	24	118	1.6e-18	67.9	FAR1 DNA-binding domain
`XP_057770849.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	240	288	6.5e-10	40.0	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914866.1
ATGCCAATTTGTGATGATGCTGTCAAGCCATATGTAGGTCAAGTGTTCAAATGTGAAGCAGATGCTTTTAAGTTTTATAGGACTTACGGATATGAATCTGGTTTCGATGTTCGCAAAGGCGGTGCAAAAAAGGGAAAATATGATCAGGTGATTTATCGATACTTCTACTGTCAAAGGGAAGGAATCAATCCTACTAAGCGTGTGGAGACATCTAAAACGCAGCGAAAGATTGTGAAGAGGCGTAGAAAGCCGTCCACCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990641
ATGCCAATTTGTGATGATGCTGTCAAGCCATATGTAGGTCAAGTGTTCAAATGTGAAGCAGATGCTTTTAAGTTTTATAGGACTTACGGATATGAATCTGGTTTCGATGTTCGCAAAGGCGGTGCAAAAAAGGGAAAATATGATCAGGTGATTTATCGATACTTCTACTGTCAAAGGGAAGGAATCAATCCTACTAAGCGTGTGGAGACATCTAAAACGCAGCGAAAGATTGTGAAGAGGCGTAGAAAGCCGTCCACCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770849.1
MPICDDAVKPYVGQVFKCEADAFKFYRTYGYESGFDVRKGGAKKGKYDQVIYRYFYCQREGINPTKRVETSKTQRKIVKRRRKPSTRNDCKARMTVRNQNGTEYVVTSLLEAHNHKLIAPECRHFMKYNRNVNAAHHMVMVKCAKVNIGPMRAFRVFKELVGSYEDVGCTSNDFKNLSYEMSCYPDGSDAQLLLDRFKTQRDLDDGFKCEYLLDDCQKVKSIFWCDSIGLKNYRIFGDAVSFDATYSTNRYSMIFAPFTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器