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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001855

染色体: Chr06 坐标: 21918034-21920525 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001855
名称SmilChr06G001855
描述RNA-binding protein Y14A-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向21918034 - 21920525 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987495
GeneID130987495
locus_tag-
NCBI NameLOC130987495
原始查询SmilChr06G001855

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA-binding protein Y14A-like
产物RNA-binding protein Y14A-like
ArabidopsisAT1G51510 (Y14)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841576]
identity=66.2; qcov=0.975; evalue=4.33e-79; confidence=high
RiceOs05g0140500 (OsY14a)
-
identity=71.8; qcov=0.685; evalue=3.72e-66; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008380 (RNA splicing); GO:0035145 (exon-exon junction complex)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987495

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767015.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057767015.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057767015.1
4 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057767015.1
5 Nuclear speckle 核斑点 0.20000 XP_057767015.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767015.1
197 aa
N
1
98
197
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 95-162 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767015.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 95 162 2.1e-15 57.1 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911032.1
AAATCCCTTTAGCCCTTCCCCTCCTATCCCCAAATCTAAACCTAGCTAAATATCTGCTTCAATGGCGAATGCGGAGGCGGAGGCCGTCGATTTCGAGCCTGAGGAGGACGATCTTATGGACGAGGATGTCGGCGATGGCTCCCCCAACCGAGCCACCGTTCCTCGCCTGAAGTCCGCCATCACCGGCGGCGGCTCCTCCACCGCTCCAAAGAAGACCAAGGGCCGCGGGTTTCGCGACGAGGCCGCTGCTGAAGCGGACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987495
ATGGCGAATGCGGAGGCGGAGGCCGTCGATTTCGAGCCTGAGGAGGACGATCTTATGGACGAGGATGTCGGCGATGGCTCCCCCAACCGAGCCACCGTTCCTCGCCTGAAGTCCGCCATCACCGGCGGCGGCTCCTCCACCGCTCCAAAGAAGACCAAGGGCCGCGGGTTTCGCGACGAGGCCGCTGCTGAAGCGGACCGAAATGCTCGCATGTCCGCCCCCTTCGATTCGCTCGATTCAGAAGGCGGTCCTGGCCCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767015.1
MANAEAEAVDFEPEEDDLMDEDVGDGSPNRATVPRLKSAITGGGSSTAPKKTKGRGFRDEAAAEADRNARMSAPFDSLDSEGGPGPERSIEGWIILVTGVHEEAQEDDLQNAFGDFGEIKNLHLNLDRRTSFVKGYALIEFEKFEEAQRAINEMNGTELLTQTMNVDWAFSKGPFRRRNIRRRSPRGSHSRSPRRRF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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