Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001882`

染色体: Chr06 坐标: 22423707-22426432 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001882`
名称	SmilChr06G001882
描述	uncharacterized SmilChr06G001882
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	22423707 - 22426432 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990648`
GeneID	`130990648`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990648`
原始查询	`SmilChr06G001882`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os04g0191000` - identity=33.1; qcov=0.186; evalue=5.98e-17; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990648

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057770856.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057770856.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057770856.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770856.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770856.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:22423713`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B100,B34
`Chr6:22423723`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr6:22423724`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr6:22423731`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr6:22423752`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr6:22423755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr6:22423758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B100,B17,B34
`Chr6:22423774`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56
`Chr6:22423811`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,C7
`Chr6:22423812`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B17
`Chr6:22423830`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A23
`Chr6:22423830`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770856.1

876 aa

438

876

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

PF17919 RT_RNaseH_2 674-763 aa PF17917 RT_RNaseH 692-793 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770856.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	674	763	1.3e-27	96.5	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057770856.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	692	793	1.6e-36	125.3	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914873.1
ATGGCTGAGGAATCAAGGGATGAGGAAGGAACTATAGTCAGAACTGCTCCGGTACCAAACCCTTCTGCCCAAGATGATAAGTTAGATAAGTTATGCAACATGTTCGAGAAATTCATGAAGAACCAAGGAACATCCAACCAAGGGACCCCCAACATCCGGAAACCTCCAGGAGGAAATAATGGGGGACAACATCAAAAACCCTTCGAACCTTACAGGCAGCAGTATAACAATCAAGGGTGGAGACAACACGAAAACTTCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990648
ATGGCTGAGGAATCAAGGGATGAGGAAGGAACTATAGTCAGAACTGCTCCGGTACCAAACCCTTCTGCCCAAGATGATAAGTTAGATAAGTTATGCAACATGTTCGAGAAATTCATGAAGAACCAAGGAACATCCAACCAAGGGACCCCCAACATCCGGAAACCTCCAGGAGGAAATAATGGGGGACAACATCAAAAACCCTTCGAACCTTACAGGCAGCAGTATAACAATCAAGGGTGGAGACAACACGAAAACTTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770856.1
MAEESRDEEGTIVRTAPVPNPSAQDDKLDKLCNMFEKFMKNQGTSNQGTPNIRKPPGGNNGGQHQKPFEPYRQQYNNQGWRQHENFRYGNNNFLGPNQGQTSNPPQYSQQPQQARGSSLSELVHQMAQQQVKFQQETKKFIMETRGGMRNVNAQLSHLAQAVARLESKQGELSSQVEVKKVNAMTLRGGKKLPEVVGKKNQEEPEVSEEVGMGSADEEELAQEREIKKKATGKGKEKLSQTEPIIPFPGRMAKEQEKEEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器