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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001888

染色体: Chr06 坐标: 22549195-22553655 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001888
名称SmilChr06G001888
描述E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向22549195 - 22553655 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987525
GeneID130987525
locus_tag-
NCBI NameLOC130987525
原始查询SmilChr06G001888

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2-like
产物E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2-like
ArabidopsisAT5G14420 (RGLG2)
RING domain ligase2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831293]
identity=69; qcov=0.887; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0908700 (OsRFP)
-
identity=70; qcov=0.855; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07002 (Copine); PF13920 (zf-C3HC4_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987525

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767051.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057767051.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057767048.1
4 Endosome 内体 0.20000 XP_057767048.1
5 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057767051.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:22549641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B76
Chr6:22549655 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 52 A2,A20,A21,A23,A6,B10,B105,B107,B109,B112,B117,B12,B125,B137,B16,B25,B28,B29,B38,B39,B47,B48,B52,B55,B63,B71,B80,B90,B92,B95,B97,C1,C2,C22,C23,C27,C31,C33,C42,C47,C48,C56,C58,C61,C65,C7,C76,C80,C82,C84,C9,D4
Chr6:22549695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:22549957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B37,C5,C80,C82
Chr6:22549992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B26
Chr6:22551229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr6:22552695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B137,B16,B55,C2
Chr6:22552750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B90,B92,C87
Chr6:22552921 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B15,B31,B83,C11,C2,C35,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767048.1
462 aa
N
1
231
462
Copine
C
PF07002 Copine 142-355 aa
XP_057767049.1
462 aa
N
1
231
462
Copine
C
PF07002 Copine 142-355 aa
XP_057767051.1
461 aa
N
1
230
461
Copine
zf-C3HC4_3
C
PF07002 Copine 142-355 aa PF13920 zf-C3HC4_3 415-456 aa
XP_057767052.1
461 aa
N
1
230
461
Copine
zf-C3HC4_3
C
PF07002 Copine 142-355 aa PF13920 zf-C3HC4_3 415-456 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767048.1 Pfam PF07002 Copine Domain 142 355 6.2e-73 245.6 Copine
XP_057767049.1 Pfam PF07002 Copine Domain 142 355 6.2e-73 245.6 Copine
XP_057767051.1 Pfam PF07002 Copine Domain 142 355 6.9e-73 245.4 Copine
XP_057767051.1 Pfam PF13920 zf-C3HC4_3 Domain 415 456 2.9e-09 37.3 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057767052.1 Pfam PF07002 Copine Domain 142 355 6.9e-73 245.4 Copine
XP_057767052.1 Pfam PF13920 zf-C3HC4_3 Domain 415 456 2.9e-09 37.3 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911068.1
AAAAGTTACATGCCTTTTTATTTCAAAAAGATTATTGAAAATCTGCAAGCAGATATTCAGTGTCGCACGATATGTTTCCTGCTTCAATGAATATATATCCAGATAATTTCTTCCAGCCAAAGGAATCTTAAACGGTGCAGTTGATTTCACGGTATATTGTTTTGATGGGGAACAAGAGCTCTAGTCCTAGGAATGGCGGGAGTTGGAGGCAATCTTCAATGGCTCCTCAATCAAGTTATGCAGATGGACAGCGGCACGAT...
XM_057911069.1
CTTAAACGGTGCAGTTGATTTCACGGTAACTTGCTTTTAAATATTCATCTTCGTGCAAAATGGAGATTCATGTTGACTGAAACTCTGGTATATTGTTTTGATGGGGAACAAGAGCTCTAGTCCTAGGAATGGCGGGAGTTGGAGGCAATCTTCAATGGCTCCTCAATCAAGTTATGCAGATGGACAGCGGCACGATTATGGTCAACCATCTGTTTCTCAATACTCTCAAAATTATCCTGTGCAGCATCCTTCTCCTGCAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130987525
ATGGGGAACAAGAGCTCTAGTCCTAGGAATGGCGGGAGTTGGAGGCAATCTTCAATGGCTCCTCAATCAAGTTATGCAGATGGACAGCGGCACGATTATGGTCAACCATCTGTTTCTCAATACTCTCAAAATTATCCTGTGCAGCATCCTTCTCCTGCAGGATATCATCATAGCTACGCTCCTCAAGATTACGCTGCTCAAAATGAGGCGGCCGTCCCTCCCCGAAACAGTGGGGCTCCATCTCAGTTACGTCCCCAGAA...
LOC130987525
ATGGGGAACAAGAGCTCTAGTCCTAGGAATGGCGGGAGTTGGAGGCAATCTTCAATGGCTCCTCAATCAAGTTATGCAGATGGACAGCGGCACGATTATGGTCAACCATCTGTTTCTCAATACTCTCAAAATTATCCTGTGCAGCATCCTTCTCCTGCAGGATATCATCATAGCTACGCTCCTCAAGATTACGCTGCTCAAAATGAGGCGGCCGTCCCTCCCCGAAACAGTGGGGCTCCATCTCAGTTACGTCCCCAGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057767048.1
MGNKSSSPRNGGSWRQSSMAPQSSYADGQRHDYGQPSVSQYSQNYPVQHPSPAGYHHSYAPQDYAAQNEAAVPPRNSGAPSQLRPQKMLDRRYSRIADNYNSLEEVTEALAHAGLESSNLIVGIDFTKSNEWTGRRSYNGRSLHHIDGGLNPYEQAISIIGKTLVTFDDDNLIPCFGFGDASTHDQDVFSFHPDGRFCNGFEEVLSLYRQIVPNLRLAGPTSFAPIIEMATTIVEESGGQYHVLLIIADGQVTRSVDTQN...
XP_057767049.1
MGNKSSSPRNGGSWRQSSMAPQSSYADGQRHDYGQPSVSQYSQNYPVQHPSPAGYHHSYAPQDYAAQNEAAVPPRNSGAPSQLRPQKMLDRRYSRIADNYNSLEEVTEALAHAGLESSNLIVGIDFTKSNEWTGRRSYNGRSLHHIDGGLNPYEQAISIIGKTLVTFDDDNLIPCFGFGDASTHDQDVFSFHPDGRFCNGFEEVLSLYRQIVPNLRLAGPTSFAPIIEMATTIVEESGGQYHVLLIIADGQVTRSVDTQN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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