Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001889`

染色体: Chr06 坐标: 22572130-22574536 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001889`
名称	SmilChr06G001889
描述	uncharacterized SmilChr06G001889
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	22572130 - 22574536 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987527`
GeneID	`130987527`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987527`
原始查询	`SmilChr06G001889`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os07g0116050; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os07g0116050; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=32.4; qcov=0.902; evalue=2.24e-57; confidence=low
Rice	`Os07g0116050` - identity=42; qcov=0.828; evalue=1.54e-80; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987527

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767054.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057767054.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057767054.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767054.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767054.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:22573023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B8,C58,C78
`Chr6:22573091`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B4
`Chr6:22573091`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B4
`Chr6:22573095`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B4
`Chr6:22573095`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B4
`Chr6:22573101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr6:22573103`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr6:22573145`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr6:22573147`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr6:22574361`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767054.1

400 aa

200

400

DUF8040

DDE_Tnp_1

DDE_Tnp_4

Plant_tran

PF26138 DUF8040 70-148 aa PF01609 DDE_Tnp_1 174-339 aa PF13359 DDE_Tnp_4 180-341 aa PF04827 Plant_tran 196-344 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767054.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	70	148	6.3e-22	78.0	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057767054.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	174	339	1.5e-08	35.3	Transposase DDE domain
`XP_057767054.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	180	341	1.1e-25	90.8	DDE superfamily endonuclease
`XP_057767054.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	196	344	1.6e-06	28.6	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911071.1
CCTCATTTTCGATATCTACATCTGTTACTCAGGCATTCTTTTTTCTTTCCAGAAGCGCCGATTCACGATTCCTTCTTTGTGTGGAGAACGAAACCATTGATCGTCGTCGAAGCTCCGATTCGCAAGATTGCTGCACCCCTCTCGCATTCCAAACACGATTCAAGGTTGTATATTTCTGGTCGAGAAATACTGGTCGTCGGGCCGGACGCGTCCGTCTAGGGTTTTAAATCTGCCCCTAATTTATATTCAAGAATTTTGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987527
ATGACGCGCACTCGTAGAGATGTTGAAATTGTCCTATTGATACAGGAGATTGTTCATGAGTTTTTGATGCAAATGATATGTGTAATTGCAATTCTAACTAGATTGAACTATCGAAAGAGAAAGCGTAGTAATATAGCTAATACATATTCTTTGATCCAAAGAATACCAGACCAAATTAAGCACTTGAACAGAATGGTAGGACTTACTGACATTGATTGCATGGCAAATCTTCGCATGGATCGAAACACTTTCGATAGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767054.1
MTRTRRDVEIVLLIQEIVHEFLMQMICVIAILTRLNYRKRKRSNIANTYSLIQRIPDQIKHLNRMVGLTDIDCMANLRMDRNTFDRLCLLLRQLGGLTDGRFVSVEEQVAMFISILAHHQKNRIIGFNFSRSSQTISHYLHVVLKGILKLHGIFLAKPQPVPEDSNDPRWKWFKGCLGALDGTYINIVVPNVDKPRYRSRKGTICTNTLAVCDRNMKFVYILTGWEGSAADSRVLRDAINRVHGLKVPRGNYYLCDNGYA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器