当前解析结果
SmilChr06G001899| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001899 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001899 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G001899 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 22780626 - 22785788 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987534 |
|---|---|
| GeneID | 130987534 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987534 |
| 原始查询 | SmilChr06G001899 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | lysine ketoglutarate reductase trans-splicing protein (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822368]; symbol=AT3G27470; hit=AT3G27470; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | lysine ketoglutarate reductase trans-splicing protein (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822368]; symbol=AT3G27470; hit=AT3G27470; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G27470 (AT3G27470)lysine ketoglutarate reductase trans-splicing protein (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822368] identity=71.8; qcov=0.948; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0108100- identity=72.3; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05212 (DUF707) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987534 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057767071.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057767071.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767071.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767071.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767071.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:22785502 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B23,B58,C5,C80,C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767071.1PF05212
DUF707 104-390 aa
XP_057767072.1PF05212
DUF707 104-390 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767071.1 |
Pfam | PF05212 |
DUF707 | Family | 104 | 390 | 2e-139 | 464.7 | Protein of unknown function (DUF707) |
XP_057767072.1 |
Pfam | PF05212 |
DUF707 | Family | 104 | 390 | 2e-139 | 464.7 | Protein of unknown function (DUF707) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。