Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001903

染色体: Chr06 坐标: 22834511-22837501 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001903
名称SmilChr06G001903
描述CRM-domain containing factor CFM9, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向22834511 - 22837501 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987538
GeneID130987538
locus_tag-
NCBI NameLOC130987538
原始查询SmilChr06G001903

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CRM-domain containing factor CFM9, mitochondrial
产物CRM-domain containing factor CFM9%2C mitochondrial
ArabidopsisAT3G27550 (AT3G27550)
RNA-binding CRS1 / YhbY (CRM) domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822377]
identity=81.1; qcov=0.552; evalue=5.78e-158; confidence=medium
RiceOs05g0145300
-
identity=71.6; qcov=0.673; evalue=1.45e-160; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
PfamPF01985 (CRS1_YhbY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987538

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057767075.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057767075.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767075.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767075.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767075.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:22835200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr6:22835318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr6:22835447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:22835503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B90
Chr6:22835905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:22836059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr6:22836106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr6:22836112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,C74
Chr6:22836346 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B132,C1
Chr6:22837134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C27
Chr6:22837232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767075.1
565 aa
N
1
282
565
CRS1_YhbY
C
PF01985 CRS1_YhbY 146-229 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767075.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 146 229 5.5e-14 53.0 CRS1 / YhbY (CRM) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911092.1
AACAAACTGCTAAAACCCCTAAACCCAATCAAAAACCCTTCAAACTCCAATTCAATCGCGGCCGATTTTCAATTTCCGAAAGATTGCAGCAAAATGTTCTCTGTTTACACTAGAAATCTCCGAAATCAATCACTCAGAACCCTCTCTTCTCTCGTCCTCAATCAAAGGGTTGATGTCATCACGAGAAATAGTTTTGCTTCAAATTCGATGCGTGGAATCCCCAATGTGAGCCTAGCGAGCTGCGAATTGCCTTCGACGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987538
ATGTTCTCTGTTTACACTAGAAATCTCCGAAATCAATCACTCAGAACCCTCTCTTCTCTCGTCCTCAATCAAAGGGTTGATGTCATCACGAGAAATAGTTTTGCTTCAAATTCGATGCGTGGAATCCCCAATGTGAGCCTAGCGAGCTGCGAATTGCCTTCGACGGCGAACATGTGGAGCTGTTTTGATGGAGCACGGCGTTTCTCAGCGAAGAGTATGAGGAGTAAAGTGGAGAAGCGGATGCAGCGGGAGTCCGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767075.1
MFSVYTRNLRNQSLRTLSSLVLNQRVDVITRNSFASNSMRGIPNVSLASCELPSTANMWSCFDGARRFSAKSMRSKVEKRMQRESGKTLREIRRAKKLRKKLMTDEERLIYNLRRAKKKVALLLQKLKKYELPELPPPRHDPELFTAEQLQAYKKIGFRNKNYVPVGVRGVFGGVVQNMHLHWKFHETVQVCCDNFPKEKIKEMASMLTRLSGGIVVNVHNVKTIIMFRGRNYRQPKNLIPINTLTKRKALFKARFEQAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器