当前解析结果
SmilChr06G001906| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001906 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001906 |
| 描述 | serine/threonine-protein kinase STY13-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 22895276 - 22899139 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987541 |
|---|---|
| GeneID | 130987541 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987541 |
| 原始查询 | SmilChr06G001906 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine/threonine-protein kinase STY13-like |
| 产物 | serine/threonine-protein kinase STY13-like |
| Arabidopsis | AT5G40540 (AT5G40540)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834052] identity=77.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0594100- identity=78.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987541 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057767077.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057767077.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057767077.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767077.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767077.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:22895603 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:22895604 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B137,B16,B55,C2 |
Chr6:22895696 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,B132,C1 |
Chr6:22895745 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:22895836 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B137,B16,B55,C2 |
Chr6:22895844 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr6:22897562 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767077.1PF00069
Pkinase 30-285 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 30-286 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767077.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 30 | 285 | 6.2e-52 | 177.3 | Protein kinase domain |
XP_057767077.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 30 | 286 | 1.7e-56 | 192.1 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。