Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001914`

染色体: Chr06 坐标: 23120011-23162188 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001914`
名称	SmilChr06G001914
描述	uncharacterized SmilChr06G001914
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	23120011 - 23162188 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990101`
GeneID	`130990101`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990101`
原始查询	`SmilChr06G001914`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834048]; symbol=AT5G40500; hit=AT5G40500; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834048]; symbol=AT5G40500; hit=AT5G40500; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G40500` (AT5G40500) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834048] identity=76.7; qcov=0.756; evalue=5.7e-48; confidence=medium
Rice	`Os04g0482900` - identity=78.3; qcov=0.58; evalue=6.43e-39; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990101

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057770291.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057770291.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057770291.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770291.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770291.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:23120479`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B11,B114,B17,C30
`Chr6:23120479`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B11,B114,B17,C30
`Chr6:23120480`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	94	A11,A18,A19,A20,A22,A24,A25,A5,B1,B10,B100,B102,B103,B106,B110,B118,B121,B122,B123,B125,B126,B128,B13,B14,B140,B15,B16,B19,B2,B20,B21,B23,B24,B27,B28,B30,B35,B37,B4,B42,B43,B45,B46,B50,B51,B53,B57,B59,B60,B62,B64,B66,B67,B68,B70,B72,B74,B77,B80,B84,B86,B90,B91,B92,B94,B98,C12,C18,C19,C2,C27,C32,C35,C41,C44,C48,C49,C5,C56,C58,C63,C64,C66,C68,C71,C81,C86,C87,D10,D11,D3,D6,D7,D8
`Chr6:23120491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B65,B93,C17,D5
`Chr6:23120510`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	B38,B39,B42,B49,B75,B79,B95,B99,C51,C79,D1
`Chr6:23161201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr6:23161734`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B9
`Chr6:23161836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B77
`Chr6:23161836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr6:23161970`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914308.1
CCGACAAATTCTGTGAAAAGTACGTGTAAAATTATTTGGGAGAGGAGAGGAGAGGAGGTATCTGAGACCACATAATTGATGTCGCAAATCGAGAGAACTTGACAGCCCTTTTTGACACGTTTGAGACTTTTAACCGACGGAAAATATCTCGGTTTCTCACTATCTCTCATTTTCGATCAAAATTTACAAAAATAAAAAACGCAGTGAAGAAGAATGGCGACTGTGTCCAGCTTTCCTACAATGCAAAAGATGCAGACTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990101
ATGGCGACTGTGTCCAGCTTTCCTACAATGCAAAAGATGCAGACTCCGCGAGTTTTGTGCAGGAAGAGAGAGAAAGAGAAAGACAACAATTACCCTTACAAAGTTATAGTGATCTCTCCTCCGCCAAAAAGCCTCGGCATTCGCTGTTTTCCCTCTAATCTGCAGTGTGGTGAGAGCGTGACCATTGAAGGCCAGACTTATACCATATCAGCTGTAACTCATCGTTATCAGCTCAGGAAAGGGAAATACGAACCTAGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770291.1
MATVSSFPTMQKMQTPRVLCRKREKEKDNNYPYKVIVISPPPKSLGIRCFPSNLQCGESVTIEGQTYTISAVTHRYQLRKGKYEPSEKRLDVLSTGRYILNLYLEGKRKSKIAFGARKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器