Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001920

染色体: Chr06 坐标: 23204893-23211500 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001920
名称SmilChr06G001920
描述ABC transporter B family member 26, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向23204893 - 23211500 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988949
GeneID130988949
locus_tag-
NCBI NameLOC130988949
原始查询SmilChr06G001920

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter B family member 26, chloroplastic-like
产物ABC transporter B family member 26%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G70610 (ABCB26)
transporter associated with antigen processing protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843398]
identity=55; qcov=0.918; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0911300 (OsABCB24)
-
identity=53.6; qcov=0.528; evalue=1.4e-135; confidence=medium
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG-
PfamPF00005 (ABC_tran); PF00664 (ABC_membrane)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988949

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057768925.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057768925.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768925.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768925.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768925.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:23205570 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 42 A10,A16,A23,A8,B112,B135,B2,B25,B26,B27,B31,B33,B35,B38,B39,B40,B44,B51,B56,B61,B76,B78,B96,C1,C20,C21,C23,C26,C31,C37,C4,C40,C43,C57,C6,C62,C73,C78,C79,C85,D11,D9
Chr6:23206249 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:23210515 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B49
Chr6:23210515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768925.1
701 aa
N
1
350
701
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF00664 ABC_membrane 171-401 aa PF00005 ABC_tran 471-620 aa
XP_057768926.1
682 aa
N
1
341
682
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF00664 ABC_membrane 171-401 aa PF00005 ABC_tran 468-601 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768925.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 171 401 8.7e-39 134.6 ABC transporter transmembrane region
XP_057768925.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 471 620 1.1e-32 114.3 ABC transporter
XP_057768926.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 171 401 8.3e-39 134.6 ABC transporter transmembrane region
XP_057768926.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 468 601 3.3e-26 93.2 ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090334.1
CCAATTTGACTGAAAGTCCGAACACGGCTTTCTTGTGTCAATCGCCGCCGCTGGCTATCGCCGTCGCGCATCCTCCGCCACATGGCCGCGCTTCAGACGGCATTCCATCTCCATACCTACTTCAACGCTCGGGATACTAACTCGATTCCGATATTTACCTCCAAAACGAGTCTAAGATTCTGCAATTCAACCTTAGTTCAAAACCTACCCCGAAATCCAAATTCAGCCTACGCAGTTAGACCACGCGTGCCTGTTTGGCA...
XM_057912942.1
ACGTGACCAATTTGACTGAAAGTCCGAACACGGCTTTCTTGTGTCAATCGCCGCCGCTGGCTATCGCCGTCGCGCATCCTCCGCCACATGGCCGCGCTTCAGACGGCATTCCATCTCCATACCTACTTCAACGCTCGGGATACTAACTCGATTCCGATATTTACCTCCAAAACGAGTCTAAGATTCTGCAATTCAACCTTAGTTCAAAACCTACCCCGAAATCCAAATTCAGCCTACGCAGTTAGACCACGCGTGCCTGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988949
ATGGCCGCGCTTCAGACGGCATTCCATCTCCATACCTACTTCAACGCTCGGGATACTAACTCGATTCCGATATTTACCTCCAAAACGAGTCTAAGATTCTGCAATTCAACCTTAGTTCAAAACCTACCCCGAAATCCAAATTCAGCCTACGCAGTTAGACCACGCGTGCCTGTTTGGCACGCAGTGAAGCACGATCGAGAAAATTGTTTGGAGGAAAGGAATAAAAATGCACCACACATAATCGTGAGATGGTTTGAGCT...
LOC130988949
ATGGCCGCGCTTCAGACGGCATTCCATCTCCATACCTACTTCAACGCTCGGGATACTAACTCGATTCCGATATTTACCTCCAAAACGAGTCTAAGATTCTGCAATTCAACCTTAGTTCAAAACCTACCCCGAAATCCAAATTCAGCCTACGCAGTTAGACCACGCGTGCCTGTTTGGCACGCAGTGAAGCACGATCGAGAAAATTGTTTGGAGGAAAGGAATAAAAATGCACCACACATAATCGTGAGATGGTTTGAGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768925.1
MAALQTAFHLHTYFNARDTNSIPIFTSKTSLRFCNSTLVQNLPRNPNSAYAVRPRVPVWHAVKHDRENCLEERNKNAPHIIVRWFELVRDVFPGGCWWNLTDFEQNVDGLPIAAESITVSQALREMWALVADEKWILYTAFGALIIAAVSEISLPGILAASVFSAQNGEMLVFYQNSWLLILLCFTSGICSGLRSGCFAVANVILVKRLRQAVFKSLLLQDVSFFDTEAVGDLTSRISTDCQRLSQTVGNDIHMILRNTF...
XP_057768926.1
MAALQTAFHLHTYFNARDTNSIPIFTSKTSLRFCNSTLVQNLPRNPNSAYAVRPRVPVWHAVKHDRENCLEERNKNAPHIIVRWFELVRDVFPGGCWWNLTDFEQNVDGLPIAAESITVSQALREMWALVADEKWILYTAFGALIIAAVSEISLPGILAASVFSAQNGEMLVFYQNSWLLILLCFTSGICSGLRSGCFAVANVILVKRLRQAVFKSLLLQDVSFFDTEAVGDLTSRISTDCQRLSQTVGNDIHMILRNTF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器