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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001931

染色体: Chr06 坐标: 23524502-23525315 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001931
名称SmilChr06G001931
描述oleosin H1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向23524502 - 23525315 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990107
GeneID130990107
locus_tag-
NCBI NameLOC130990107
原始查询SmilChr06G001931

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述oleosin H1-like
产物oleosin H1-like
ArabidopsisAT3G01570 (AT3G01570)
Oleosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821106]
identity=53.9; qcov=0.862; evalue=1.11e-50; confidence=medium
RiceOs03g0699000 (OLE18)
-
identity=46.7; qcov=0.912; evalue=2.47e-27; confidence=medium
GOGO:0010344 (seed oilbody biogenesis); GO:0012511 (monolayer-surrounded lipid storage body); GO:0016020 (membrane); GO:0019915 (lipid storage); GO:0050826 (response to freezing)
KEGG-
PfamPF01277 (Oleosin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990107

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057770295.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057770295.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057770295.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770295.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770295.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:23524567 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B44
Chr6:23524567 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B44
Chr6:23524571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B47,C13,C30,C59,C60
Chr6:23524609 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B120
Chr6:23524609 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B120
Chr6:23524682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B136,C49
Chr6:23524713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr6:23524728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770295.1
181 aa
N
1
90
181
Oleosin
C
PF01277 Oleosin 44-153 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770295.1 Pfam PF01277 Oleosin Family 44 153 3.2e-39 133.9 Oleosin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914312.1
CCATTTCGAAAAACCACCGCCCACCACAGCCTTATCTTCACGCGCCGCCGCTCCCATGGCTGACCGCGACCGAGACCGTGACCGCCTCCACCCTCACCAAATCCAAGTCCACCCCCACCAGCAGCCCCACCGCTATGACGGCGGCGCCAAGGCCCTCCTCCCGCGGAATGGCCCCTCGACGGGCCAGGTGCTCGCCATCATCACCCTCCTCCCCATTGGCGGCAGCCTCCTTGGCCTTGCCGGGATCACGCTTGTCGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990107
ATGGCTGACCGCGACCGAGACCGTGACCGCCTCCACCCTCACCAAATCCAAGTCCACCCCCACCAGCAGCCCCACCGCTATGACGGCGGCGCCAAGGCCCTCCTCCCGCGGAATGGCCCCTCGACGGGCCAGGTGCTCGCCATCATCACCCTCCTCCCCATTGGCGGCAGCCTCCTTGGCCTTGCCGGGATCACGCTTGTCGGGAGCCTCATCGGGCTGGCTGTCGCCACCCCACTCTTCGTTATCTTCAGCCCCATCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770295.1
MADRDRDRDRLHPHQIQVHPHQQPHRYDGGAKALLPRNGPSTGQVLAIITLLPIGGSLLGLAGITLVGSLIGLAVATPLFVIFSPILVPAAILIAGAVAAFLTSGAFGLTGLSSLSWVFNSFRQATGQEPFDYAKRRVQEGTMYVGEKTKQVGETIKSKAQEGEGGAGVHATTGAGAGGRT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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