同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001938

染色体: Chr06 坐标: 23684433-23685855 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001938
名称SmilChr06G001938
描述uncharacterized SmilChr06G001938
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向23684433 - 23685855 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988915
GeneID130988915
locus_tag-
NCBI NameLOC130988915
原始查询SmilChr06G001938

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836870]; symbol=AT5G67350; hit=AT5G67350; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836870]; symbol=AT5G67350; hit=AT5G67350; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G67350 (AT5G67350)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836870]
identity=29.59; qcov=0.878; evalue=2.15e-17; confidence=low
RiceOs03g0439000
-
identity=24.75; qcov=0.789; evalue=2.48e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988915

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057768885.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057768885.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057768885.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:23684975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr6:23685027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,C18,C37
Chr6:23685147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr6:23685153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr6:23685182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr6:23685299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B51
Chr6:23685320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B81,C39
Chr6:23685322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B81,C39
Chr6:23685348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B81,C39
Chr6:23685446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr6:23685479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr6:23685590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912902.1
TCCCACTTTATGCACAAGCTAGTATAATTTGTTAAATATTAATTTTGTCCAAGAAAAAAGAAATCAATGATTTAGAGGAATGAGTAAGAATGTCACGCTGCAGTTAAAAGGCAAGGGGCCGGCTTTAGGAATCCAATAGGTCTCTTCACTCCAAAACAAGAAAAGCACATTCACTTCTTCTACTATTTTAATATTTCTCCATTTTACCTTCTTTTTTTTTTTTTGCCTCATCTCTGCATATATATAAAAACCATAACCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080392.1_cds_XP_057768885.1_32813
ATGATTATGGATGAGAAAAAATGTGTTGACGAAAGATGGGTAGCATGTTCAGATGAAGATGAAGAGGAAGATGAAACCCTCTCTTTGAGTGATCTCCCACTTATTAATCAATGGAGAAAAGAAAATAAAAACGACGACGACAACGCCCTTCTTCCCCCACAGGATCAGGAATTTGATTTCTGCTCTGTCTCAAGAGAATCGGAAATGTGCGCCGCCGATGAAGTATTCTTCAAGGGCCAAATCCTCCCGCTGCGCCACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768885.1
MIMDEKKCVDERWVACSDEDEEEDETLSLSDLPLINQWRKENKNDDDNALLPPQDQEFDFCSVSRESEMCAADEVFFKGQILPLRHSVSSEKGLLQNYDSRRRSCSIYRSDSMDHYYSSRSSSMSSTGTATSSSSARYKPKLPPRIQFHSHPSPSPRLHFPSNRATAANQRNSAKKSSIWNVLRLGLVTAPPEIAFHDLKARNGNSGSRRSTSSNSSGEKKKKTTRPRILGGGCRSAADAVDTIAAPRVVIIKRSASDGH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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