Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001954`

染色体: Chr06 坐标: 24203444-24208996 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001954`
名称	SmilChr06G001954
描述	50S ribosomal protein L18, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	24203444 - 24208996 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988929`
GeneID	`130988929`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988929`
原始查询	`SmilChr06G001954`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	50S ribosomal protein L18, chloroplastic-like
产物	50S ribosomal protein L18%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT1G48350` (EMB3105) Ribosomal L18p/L5e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841255] identity=68.6; qcov=1.02; evalue=6.23e-76; confidence=high
Rice	`Os03g0828100` (RPL18) - identity=68.2; qcov=0.777; evalue=2.78e-60; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0008097 (5S rRNA binding)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00861 (Ribosomal_L18p)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988929

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057768897.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768897.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768897.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768897.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768897.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:24203765`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B117,B28,B35,B72,C23
`Chr6:24203783`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B72
`Chr6:24204733`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,C1,C46
`Chr6:24208814`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B108,B117,B28,B35,B72,C1,C23,C43
`Chr6:24208846`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B28,B72
`Chr6:24208846`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B28,B72
`Chr6:24208870`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768897.1

166 aa

166

Ribosomal_L18p

PF00861 Ribosomal_L18p 47-166 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768897.1`	Pfam	`PF00861`	Ribosomal_L18p	Family	47	166	1.1e-46	158.6	Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912914.1
TCGTATGGGTCAATACAAATTTTGAGCCCATCAAGAATTAATTGGGTTGTTTACATTAGGATAGAGAAATCAGTATTTTTTTCTAGTTTTTTCTAACTTGAAGGGATAACTCTCAATTTATCCTTGTGCTTCTGCAGCTCTCCTTATCCGCAACAAACAGCTTCTCATTAGGCACAGGAGAGAGAGAGAGAGGGGCCGAAGACAGAAATGTCGTGCAATTCCATTTCGCTCTCGTTTCTTCACACACCCATCCAACACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988929
ATGTCGTGCAATTCCATTTCGCTCTCGTTTCTTCACACACCCATCCAACACTGCCAGCTTCCCAATGGAGTACGCCCCAATTCTGTTCGAATAGTTCACCTCCACCACCCCAGCCGTCTCGTCGTCCAAGCCGCGGCCAAGACCCGGAGAGAGGACCGAACTGCTCGTCACATTCGCATTCGCAAGAAGGTTGAAGGGACGCCCGAGAGGCCAAGATTATGTGTTTTTCGCTCCAACAAGCACATCTATGCTCAAGTAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768897.1
MSCNSISLSFLHTPIQHCQLPNGVRPNSVRIVHLHHPSRLVVQAAAKTRREDRTARHIRIRKKVEGTPERPRLCVFRSNKHIYAQVIDDSKMHTLASASTMQKPISEEFDYSSGPTIDVAKKVGEAIAKACIEKGITKVAFDRGGYPYHGRIEALANAAREQGLQF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器