Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001955`

染色体: Chr06 坐标: 24237541-24241202 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001955`
名称	SmilChr06G001955
描述	E3 ubiquitin-protein ligase APD2
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	24237541 - 24241202 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988930`
GeneID	`130988930`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988930`
原始查询	`SmilChr06G001955`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase APD2
产物	E3 ubiquitin-protein ligase APD2
Arabidopsis	`AT4G24204` (AT4G24204) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240443] identity=24.6; qcov=0.873; evalue=6.23e-06; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13639 (zf-RING_2); PF13920 (zf-C3HC4_3); PF14447 (Prok-RING_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988930

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057768900.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057768900.1`
3	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057768898.1`
4	Vacuole membrane	液泡膜	0.60000	`XP_057768898.1`
5	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057768898.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:24237664`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,C48
`Chr6:24238165`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,A8,C1,C46
`Chr6:24240528`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,C83
`Chr6:24240541`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768898.1

152 aa

152

zf-C3HC4_3

zf-RING_2

Prok-RING_4

PF13920 zf-C3HC4_3 98-146 aa PF13639 zf-RING_2 99-140 aa PF14447 Prok-RING_4 100-145 aa

XP_057768899.1

151 aa

151

zf-C3HC4_3

zf-RING_2

Prok-RING_4

PF13920 zf-C3HC4_3 97-145 aa PF13639 zf-RING_2 98-139 aa PF14447 Prok-RING_4 99-144 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768898.1`	Pfam	`PF13920`	zf-C3HC4_3	Domain	98	146	3.5e-16	59.5	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057768898.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	99	140	9e-07	29.8	Ring finger domain
`XP_057768898.1`	Pfam	`PF14447`	Prok-RING_4	Family	100	145	1.1e-06	29.1	Prokaryotic RING finger family 4
`XP_057768899.1`	Pfam	`PF13920`	zf-C3HC4_3	Domain	97	145	3.5e-16	59.4	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057768899.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	98	139	8.9e-07	29.8	Ring finger domain
`XP_057768899.1`	Pfam	`PF14447`	Prok-RING_4	Family	99	144	1.1e-06	29.1	Prokaryotic RING finger family 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912916.1
CCTAATTAAAAAAACTTTGGGCTCCCAACAAGTGTGTCTTTTATTTTGATACAGAGGGAGTAATATTGCAACTGTAATCGGGTTCATTAAATAGGATTTAGTTACGGCAGAAGACTTTCAGATTCGACCAACTCCTCAAGTATTTCCAATTGGTCATACAAGCAACAGAGTAACTGCATTATTCATTATTTCGTGCCAACATCCAGTTTTCGTGAGCTAACCTTCATTCCTCAATTCCCAAATTCCAAAACCTTAGAATT...

XM_057912917.1
CCTAATTAAAAAAACTTTGGGCTCCCAACAAGTGTGTCTTTTATTTTGATACAGAGGGAGTAATATTGCAACTGTAATCGGGTTCATTAAATAGGATTTAGTTACGGCAGAAGACTTTCAGATTCGACCAACTCCTCAAGTATTTCCAATTGGTCATACAAGCAACAGAGTAACTGCATTATTCATTATTTCGTGCCAACATCCAGTTTTCGTGAGCTAACCTTCATTCCTCAATTCCCAAATTCCAAAACCTTAGAATT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC130988930
ATGATCCATCTCAAGGACGACGATCCGGGTCGGGAATTTCCTGTAGAACTCGTGTTGTATATCGCAATATGTGTATTCTTGATGGTGATTGTGCTGATGATGAAACTGTTGACGGATTCCGGCGATAGCGACGGCGATGGCGGTGGAGCAAGGGCGAGTGAGACGAGTGGTTTATTGTGTTCTAAGGTGGAAGGTTCCAATTGGTTCATTTCATCATCGTATGGGACAAATGAAGAGTGGAATGGTGATAAGAATTGCAC...

LOC130988930
ATGATCCATCTCAAGGACGACGATCCGGGTCGGGAATTTCCTGTAGAACTCGTGTTGTATATCGCAATATGTGTAGTATTCTTGATGGTGATTGTGCTGATGATGAAACTGTTGACGGATTCCGGCGATAGCGACGGCGATGGCGGTGGAGCAAGGGCGAGTGAGACGAGTGGTTTATTGTGTTCTAAGGTGGAAGGTTCCAATTGGTTCATTTCATCATCGTATGGGACAAATGAAGAGTGGAATGGTGATAAGAATTG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057768898.1
MIHLKDDDPGREFPVELVLYIAICVVFLMVIVLMMKLLTDSGDSDGDGGGARASETSGLLCSKVEGSNWFISSSYGTNEEWNGDKNCTSSSDDFYDGKICVICYDDETSCLFIPCGHSITCYTCAKRLISEEIKSCPICRTEIDKVRKLHIL

XP_057768899.1
MIHLKDDDPGREFPVELVLYIAICVFLMVIVLMMKLLTDSGDSDGDGGGARASETSGLLCSKVEGSNWFISSSYGTNEEWNGDKNCTSSSDDFYDGKICVICYDDETSCLFIPCGHSITCYTCAKRLISEEIKSCPICRTEIDKVRKLHIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器