Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001969

染色体: Chr06 坐标: 24820282-24824163 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001969
名称SmilChr06G001969
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向24820282 - 24824163 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988940
GeneID130988940
locus_tag-
NCBI NameLOC130988940
原始查询SmilChr06G001969

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782%2C mitochondrial
ArabidopsisAT3G26782 (AT3G26782)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5008030]
identity=58.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0299800
-
identity=50.9; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988940

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057768912.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768912.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768912.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768912.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768912.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:24820628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr6:24820638 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,C46,C48
Chr6:24820818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B52,C82,C83
Chr6:24820843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr6:24820923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:24821139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B65,C49
Chr6:24821295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,D7
Chr6:24821319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,D7
Chr6:24822055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr6:24822196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,C46,C48
Chr6:24822224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr6:24822545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B108,C46,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768912.1
645 aa
N
1
322
645
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
DYW_deaminase
C
PF13041 PPR_2 37-83 aa PF13812 PPR_3 37-83 aa PF01535 PPR 40-68 aa PF01535 PPR 112-138 aa PF01535 PPR 140-163 aa PF01535 PPR 212-237 aa PF01535 PPR 240-268 aa PF01535 PPR 312-338 aa PF13812 PPR_3 338-384 aa PF13041 PPR_2 338-386 aa PF01535 PPR 341-370 aa PF01535 PPR 376-402 aa PF01535 PPR 412-438 aa PF20431 E_motif 455-517 aa PF01535 PPR 479-507 aa PF14432 DYW_deaminase 553-645 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768912.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 37 83 6.8e-58 193.3 PPR repeat family
XP_057768912.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 37 83 6.2e-18 65.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768912.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 40 68 1.6e-62 204.2 PPR repeat
XP_057768912.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 112 138 1.6e-62 204.2 PPR repeat
XP_057768912.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 140 163 1.6e-62 204.2 PPR repeat
XP_057768912.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 212 237 1.6e-62 204.2 PPR repeat
XP_057768912.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 240 268 1.6e-62 204.2 PPR repeat
XP_057768912.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 312 338 1.6e-62 204.2 PPR repeat
XP_057768912.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 338 384 6.2e-18 65.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768912.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 338 386 6.8e-58 193.3 PPR repeat family
XP_057768912.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 341 370 1.6e-62 204.2 PPR repeat
XP_057768912.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 376 402 1.6e-62 204.2 PPR repeat
XP_057768912.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 412 438 1.6e-62 204.2 PPR repeat
XP_057768912.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 455 517 1.7e-23 83.3 E motif
XP_057768912.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 479 507 1.6e-62 204.2 PPR repeat
XP_057768912.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 553 645 1.5e-37 128.0 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090286.1
GACACACAAGGTTTGCTTTTTTGTTCAAACCAATGCGACAACCACTCTTTCGTCCTAACTACAACGAAGTGCCGCCGCAGCGCCACCTTTCCTGGCCGATAAAAACGGCGCTGGCTGCCGCCAGGCCACTGCTGTTCCTCTTCTCCCCCTTACCGAGCATGAATATATCTACGTGAGTTTAACTGGAAACAGAGATATCATGATGCATGTGTGCAAATTCTATTTAATATAGCAGACCAAGACCAGAAGCAGCCAACCAG...
XR_009090285.1
ACACAAGGTTTGCTTTTTTGTTCAAACCAATGCGACAACCACTCTTTCGTCCTAACTACAACGAAGTGCCGCCGCAGCGCCACCTTTCCTGGCCGATAAAAACGGCGCTGGCTGCCGCCAGGCCACTGCTGTTCCTCTTCTCCCCCTTACCGAGCATGAATATATCTACGTGAGTTTAACTGGAAACAGAGATATCATGATGCATGTGTGCAAATTCTATTTAATATAGCAGACCAAGACCAGAAGCAGCCAACCAGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988940
ATGAAGACTAAATGGAGACTGAAATTTAGTTGCTATTTATCAGAGCGGCGGCGTTTCTCCACCACCGCCAACATCACAACTCTGTTCAACAAATACATTGACAGAAGCAGCGTCCACTCTTGGAACTCTATTATAGCCGAGTTAGCTCGGAGCGGCAACTCAATCGAAGCCCTCAAAGCCTTTTCCTCAATGCGCAAATCCCAAATCAAGCCCAACCGCTCAACTTTCCCTTGCGCGATTAAATCCTGTTCCGCACTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768912.1
MKTKWRLKFSCYLSERRRFSTTANITTLFNKYIDRSSVHSWNSIIAELARSGNSIEALKAFSSMRKSQIKPNRSTFPCAIKSCSALGDLNSGRQAHQQAIVFGYASDLFVSSSLIDMYAKCRHLRDARNMFDEIPHRNVVSWTSMINGYVQNNCPREALLLFKDQLVEESVDGVTMVSILSACSRACEKNVTRGVHGVVIKRGFDEDLGVGNTLIDAYAKCGMLESSRRVFDGMDERDSISWNSMIAVCAQHRAAEEAIG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器