当前解析结果
SmilChr06G001983| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001983 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001983 |
| 描述 | cytochrome P450 81Q32-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 25259964 - 25263166 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990934 |
|---|---|
| GeneID | 130990934 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990934 |
| 原始查询 | SmilChr06G001983 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome P450 81Q32-like |
| 产物 | cytochrome P450 81Q32-like |
| Arabidopsis | AT4G37330 (CYP81D4)cytochrome P450, family 81, subfamily D, polypeptide 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829888] identity=51.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0760200 (bel)- identity=43.9; qcov=1.03; evalue=4.6e-142; confidence=medium |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00067 (p450) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990934 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057771138.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057771138.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771138.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771138.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771138.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:25260080 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr6:25260107 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr6:25260124 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B26,C36,C40,C82 |
Chr6:25260185 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A24,B139,B32,C4 |
Chr6:25260241 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:25260254 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,B12,C46 |
Chr6:25260285 |
GCC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B90 |
Chr6:25260285 |
GCC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B90 |
Chr6:25260288 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B90 |
Chr6:25260311 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr6:25260340 |
CGA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B76,C30,C5 |
Chr6:25260340 |
CGA |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | B76,C30,C5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771138.1PF00067
p450 32-471 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771138.1 |
Pfam | PF00067 |
p450 | Domain | 32 | 471 | 4.6e-86 | 290.1 | Cytochrome P450 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。