当前解析结果
SmilChr06G001989| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001989 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001989 |
| 描述 | MLP-like protein 43 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 25293771 - 25295203 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990938 |
|---|---|
| GeneID | 130990938 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990938 |
| 原始查询 | SmilChr06G001989 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MLP-like protein 43 |
| 产物 | MLP-like protein 43 |
| Arabidopsis | AT1G70890 (MLP43)MLP-like protein 43 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843427] identity=41.9; qcov=0.961; evalue=7e-17; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00407 (Bet_v_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990938 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057771143.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057771143.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057771143.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771143.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771143.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:25294198 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 10 | A21,A5,B110,B4,B50,B60,B62,B68,B86,C12 |
Chr6:25295096 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B28,C87,D5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771143.1PF00407
Bet_v_1 5-75 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771143.1 |
Pfam | PF00407 |
Bet_v_1 | Domain | 5 | 75 | 1.3e-14 | 55.1 | Pathogenesis-related protein Bet v 1 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。