Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001989

染色体: Chr06 坐标: 25293771-25295203 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001989
名称SmilChr06G001989
描述MLP-like protein 43
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向25293771 - 25295203 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990938
GeneID130990938
locus_tag-
NCBI NameLOC130990938
原始查询SmilChr06G001989

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MLP-like protein 43
产物MLP-like protein 43
ArabidopsisAT1G70890 (MLP43)
MLP-like protein 43 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843427]
identity=41.9; qcov=0.961; evalue=7e-17; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00407 (Bet_v_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990938

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057771143.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057771143.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057771143.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771143.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771143.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:25294198 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 10 A21,A5,B110,B4,B50,B60,B62,B68,B86,C12
Chr6:25295096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C87,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771143.1
77 aa
N
1
38
77
Bet_v_1
C
PF00407 Bet_v_1 5-75 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771143.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 5 75 1.3e-14 55.1 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915160.1
GCAGCTATATAAAGAGCTAGAAATTAAAGCTGCATCTTAACTAGAGAAGCAAATACATACCATATAGCATTAATTTGAAGAATTAATATATAATGGCTGGGCTACCGGATAAGCTTGTTGCGCAGGTGGCGTTTAAGGCCGGAGGCGACGTGTTTCATCATCTCATGGCGAAGAACCCTAAACATTTCGCCAAAGTCCTTCCTAACAAAGTCCAGGATTGTGAACTTCATCAAGGAGATTTTGGGAGTTGTGGCTCTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990938
ATGGCTGGGCTACCGGATAAGCTTGTTGCGCAGGTGGCGTTTAAGGCCGGAGGCGACGTGTTTCATCATCTCATGGCGAAGAACCCTAAACATTTCGCCAAAGTCCTTCCTAACAAAGTCCAGGATTGTGAACTTCATCAAGGAGATTTTGGGAGTTGTGGCTCTGTTATTCAGTGGAAATACGTTCTTGGTGGAAAAGAGCAAAGAGCAAAACAAGTTATACAAGTAGAGTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771143.1
MAGLPDKLVAQVAFKAGGDVFHHLMAKNPKHFAKVLPNKVQDCELHQGDFGSCGSVIQWKYVLGGKEQRAKQVIQVE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器