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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001998

染色体: Chr06 坐标: 25511895-25512488 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001998
名称SmilChr06G001998
描述uncharacterized SmilChr06G001998
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向25511895 - 25512488 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990680
GeneID130990680
locus_tag-
NCBI NameLOC130990680
原始查询SmilChr06G001998

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990680

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770887.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057770887.1
3 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057770887.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057770887.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770887.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:25511920 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C73
Chr6:25511920 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C73
Chr6:25511939 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 113 A13,A15,A18,A22,A23,A25,A4,A6,A8,A9,B103,B106,B107,B11,B111,B113,B117,B118,B119,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B130,B131,B134,B135,B137,B14,B17,B18,B19,B21,B24,B31,B36,B40,B49,B5,B50,B54,B55,B59,B6,B61,B63,B67,B69,B70,B72,B73,B74,B76,B77,B79,B81,B83,B87,B88,B9,B90,B92,B93,B96,B97,B98,B99,C11,C14,C17,C19,C20,C23,C24,C25,C27,C28,C30,C34,C37,C38,C44,C47,C50,C54,C56,C57,C59,C60,C63,C67,C69,C71,C72,C74,C75,C76,C78,C83,C84,C87,D1,D10,D2,D5,D6,D8,D9
Chr6:25512165 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B52
Chr6:25512185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,D3
Chr6:25512205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B87,C48,C61,C87,D10
Chr6:25512251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr6:25512255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr6:25512290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B87,C67
Chr6:25512322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:25512324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,D3
Chr6:25512337 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914904.1
ATGGAGAAGAAGATAGAGAAGGGTGTTGAGGCTGTTGACTCGAGCTCGACAACATTTGAGCGAATAATGGAAAAACTTAATCACATTGAGGAGTTGCTGACAAATAGATCAAGCAAAATGAACCCATCTCCCGTTCCATGTAGCCAAGATAGTACTAAATCAGCCACGCCGCATCCACCACCTGTTTCTGTGATGACTCCACCGCTTCCACATCTTGTTTCCATAACGACTCTGCCACCACCACCTCCACCTCCTGTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990680
ATGGAGAAGAAGATAGAGAAGGGTGTTGAGGCTGTTGACTCGAGCTCGACAACATTTGAGCGAATAATGGAAAAACTTAATCACATTGAGGAGTTGCTGACAAATAGATCAAGCAAAATGAACCCATCTCCCGTTCCATGTAGCCAAGATAGTACTAAATCAGCCACGCCGCATCCACCACCTGTTTCTGTGATGACTCCACCGCTTCCACATCTTGTTTCCATAACGACTCTGCCACCACCACCTCCACCTCCTGTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770887.1
MEKKIEKGVEAVDSSSTTFERIMEKLNHIEELLTNRSSKMNPSPVPCSQDSTKSATPHPPPVSVMTPPLPHLVSITTLPPPPPPPVSVTSLPPPPPQLPVSLATPPPLSLASMTTPTSLIDASRGGLQSRANMPKQRKHARAELSSMPE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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