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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002019

染色体: Chr06 坐标: 26006024-26006886 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002019
名称SmilChr06G002019
描述uncharacterized SmilChr06G002019
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向26006024 - 26006886 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990687
GeneID130990687
locus_tag-
NCBI NameLOC130990687
原始查询SmilChr06G002019

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=25; qcov=0.443; evalue=6.59e-09; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990687

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770895.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057770895.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057770895.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770895.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770895.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:26006087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B139,B19,B32,C4
Chr6:26006095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C40
Chr6:26006182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C30,C40
Chr6:26006232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,C30,C37,C40
Chr6:26006234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C30,C40
Chr6:26006269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C30,C40
Chr6:26006278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C49
Chr6:26006283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,C30,C37,C40
Chr6:26006305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B31,C17,C21,C79
Chr6:26006346 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 21 B101,B120,B126,B139,B28,B3,B33,B45,B58,B67,B69,B75,B8,B82,B89,C10,C14,C39,C41,C52,C55
Chr6:26006405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr6:26006576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B32,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914912.1
ATGGCCAAAGACTTTTTCACGGTGAAGTTCTCAACGCTGAACGATAAAAGAAAAGCCAAGGATAAGGTTATTTTAGAGCTATCAATGGGCCAAGTTCGACTTCGTGAATGGAGTCGCTATTTCAACCCATATAAGGAAGCTTCTTCTTTAGCTGAGATTTGGTTGCGCATTTATTATCTGCCTGTGGAGATGTGGACTCAGGAGATTATAGCAGGGATTGGTTATGCACTGGGACATCCGTTACGTATTGATCACGCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990687
ATGGCCAAAGACTTTTTCACGGTGAAGTTCTCAACGCTGAACGATAAAAGAAAAGCCAAGGATAAGGTTATTTTAGAGCTATCAATGGGCCAAGTTCGACTTCGTGAATGGAGTCGCTATTTCAACCCATATAAGGAAGCTTCTTCTTTAGCTGAGATTTGGTTGCGCATTTATTATCTGCCTGTGGAGATGTGGACTCAGGAGATTATAGCAGGGATTGGTTATGCACTGGGACATCCGTTACGTATTGATCACGCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770895.1
MAKDFFTVKFSTLNDKRKAKDKVILELSMGQVRLREWSRYFNPYKEASSLAEIWLRIYYLPVEMWTQEIIAGIGYALGHPLRIDHAAHGQAGHFARVQVKVDMAKPLLEYMDDENKASLAAAPKSKEHPKARGTNPSWQPRGQDNITKDQGDIVKDHMSGPDLAAILVPIKENELPPVGVSNWFDVLDDEDVEGDKIVKGVAGSGIEGKQIEDGMTQVALLGTAKETVANERGLSRMPRVRRSV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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