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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002032

染色体: Chr06 坐标: 26465969-26472115 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002032
名称SmilChr06G002032
描述uncharacterized SmilChr06G002032
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向26465969 - 26472115 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987553
GeneID130987553
locus_tag-
NCBI NameLOC130987553
原始查询SmilChr06G002032

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829850]; symbol=AT4G36960; hit=AT4G36960; species=arabidopsis; confidence=high
产物RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829850]; symbol=AT4G36960; hit=AT4G36960; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G36960 (AT4G36960)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829850]
identity=68.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0945800 (HNR27C)
-
identity=67; qcov=1.01; evalue=4.51e-166; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987553

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767107.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767107.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057767107.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057767109.1
5 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057767107.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:26466240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:26467026 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B65,C49
Chr6:26468201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr6:26468238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr6:26468386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr6:26468399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr6:26470432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767107.1
376 aa
N
1
188
376
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 6-73 aa PF00076 RRM_1 94-148 aa PF00076 RRM_1 227-284 aa
XP_057767108.1
376 aa
N
1
188
376
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 6-73 aa PF00076 RRM_1 94-148 aa PF00076 RRM_1 227-284 aa
XP_057767109.1
370 aa
N
1
185
370
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 6-73 aa PF00076 RRM_1 94-148 aa PF00076 RRM_1 227-284 aa
XP_057767110.1
370 aa
N
1
185
370
RRM_1
RRM_1
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 6-73 aa PF00076 RRM_1 94-148 aa PF00076 RRM_1 227-284 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767107.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 6 73 2.9e-42 143.1 RNA recognition motif
XP_057767107.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 94 148 2.9e-42 143.1 RNA recognition motif
XP_057767107.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 227 284 2.9e-42 143.1 RNA recognition motif
XP_057767108.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 6 73 2.9e-42 143.1 RNA recognition motif
XP_057767108.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 94 148 2.9e-42 143.1 RNA recognition motif
XP_057767108.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 227 284 2.9e-42 143.1 RNA recognition motif
XP_057767109.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 6 73 2.8e-42 143.2 RNA recognition motif
XP_057767109.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 94 148 2.8e-42 143.2 RNA recognition motif
XP_057767109.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 227 284 2.8e-42 143.2 RNA recognition motif
XP_057767110.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 6 73 2.8e-42 143.2 RNA recognition motif
XP_057767110.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 94 148 2.8e-42 143.2 RNA recognition motif
XP_057767110.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 227 284 2.8e-42 143.2 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911126.1
ATAGTACTACTTCTACTTGAGCATTAGAAATTGAAAGTCGTTGGTTTTTTGAGGGAAAGTCGCTATTGAAAAGCTAACTCAATCAGAATATTTATTGCAAATAAAAAACAAAATTAGATTAAGAGGGGCGGTGGGTAAAGAGCTGAAGCTGAGCGACGCGAGGAGAGCGGAGAGGTAGAGAGAGAGAGAGAGTGGAGAGAGGAGAGAGGAGCGATTTAGGGTTTTGAAATCCTATCCAATCCAAAGGAAGAGTGCGTGAG...
XM_057911124.1
TTGAAAGTCGTTGGTTTTTTGAGGGAAAGTCGCTATTGAAAAGCTAACTCAATCAGAATATTTATTGCAAATAAAAAACAAAATTAGATTAAGAGGGGCGGTGGGTAAAGAGCTGAAGCTGAGCGACGCGAGGAGAGCGGAGAGGTAGAGAGAGAGAGAGAGTGGAGAGAGGAGAGAGGAGCGATTTAGGGTTTTGAAATCCTATCCAATCCAAAGGAAGAGTGCGTGAGCGATTGAGGGTTGGTGTGAGAGAGAGAGAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130987553
ATGACCGACCGAAAGCTCGTTGTGCTGGGGATTCCATGGGATGTGGATACTGAAGGATTGAGGGAATACATGAGCAAATTCGGGGAGCTGGAGGACTGCATTGTATTGAAGGAGCGTTCTACCGGTCGTTCTCGTGGTTTTGGATATGCGACATTTGTGACAGCCGAGGATGCAAAGGCAGCATTAGCAAGTGAGCATTTCCTTGGCAATAGGGTGTTGGAAGTCAAAGTAGCCACCCCAAAGGACGAAATGAAAACATC...
LOC130987553
ATGACCGACCGAAAGCTCGTTGTGCTGGGGATTCCATGGGATGTGGATACTGAAGGATTGAGGGAATACATGAGCAAATTCGGGGAGCTGGAGGACTGCATTGTATTGAAGGAGCGTTCTACCGGTCGTTCTCGTGGTTTTGGATATGCGACATTTGTGACAGCCGAGGATGCAAAGGCAGCATTAGCAAGTGAGCATTTCCTTGGCAATAGGGTGTTGGAAGTCAAAGTAGCCACCCCAAAGGACGAAATGAAAACATC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057767107.1
MTDRKLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVLKERSTGRSRGFGYATFVTAEDAKAALASEHFLGNRVLEVKVATPKDEMKTSSKKVTRIFVARIPPSVTEAVFRSHFEKYGEITDLYMPKDPSTKGHRGIGFITFANAEAVDDLMVETHELGGSTVVVDRATPKEEEFRPVSRTPQSGGGYGAYNAYISAATRYAALGAPTLYDPPGAVYGREVPRGMGKKIFVGRLPQEASVEDLRHYFGRFGRILDVYVPKDP...
XP_057767108.1
MTDRKLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVLKERSTGRSRGFGYATFVTAEDAKAALASEHFLGNRVLEVKVATPKDEMKTSSKKVTRIFVARIPPSVTEAVFRSHFEKYGEITDLYMPKDPSTKGHRGIGFITFANAEAVDDLMVETHELGGSTVVVDRATPKEEEFRPVSRTPQSGGGYGAYNAYISAATRYAALGAPTLYDPPGAVYGREVPRGMGKKIFVGRLPQEASVEDLRHYFGRFGRILDVYVPKDP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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