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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002041

染色体: Chr06 坐标: 26695715-26697224 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002041
名称SmilChr06G002041
描述mitogen-activated protein kinase kinase kinase 20-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向26695715 - 26697224 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990094
GeneID130990094
locus_tag-
NCBI NameLOC130990094
原始查询SmilChr06G002041

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitogen-activated protein kinase kinase kinase 20-like
产物mitogen-activated protein kinase kinase kinase 20-like
ArabidopsisAT5G67080 (MAPKKK19)
mitogen-activated protein kinase kinase kinase 19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836843]
identity=51; qcov=1.05; evalue=1.76e-116; confidence=high
RiceOs02g0322400
-
identity=38.7; qcov=1.02; evalue=3.22e-68; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990094

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770284.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057770284.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057770284.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770284.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770284.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:26696124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr6:26696154 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr6:26696157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr6:26696182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr6:26696214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B38
Chr6:26696223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr6:26696256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B38,C23
Chr6:26696268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B38,C23,C71
Chr6:26696286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B37,B38,C23,C71
Chr6:26696335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C36,C40
Chr6:26696439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr6:26696455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770284.1
342 aa
N
1
171
342
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-256 aa PF00069 Pkinase 6-261 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770284.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 6 256 9e-31 107.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057770284.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 6 261 1.9e-52 179.0 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914301.1
ATTTCGCTCCCCTTATAAATACCCCCTCCCCTTTCCCACACGCTTAGCACTTGTATTCATTCATTCCTCTTCCTCTGTTTCCTTTCTCACTCAACCAACTCAAAAAATCTCTAACTCAGAACCCAAAATTGAAAATTTCCGGTGAAATGGATTGGTTTCGCGGCGAGAAATTGGGGCACGGGAGTTTCGCGCAGGTGAATTTAGCGATTCCGAGAAGCCAGAGCTCGTTTCCTCAGCCGTTAATGGCGGTGAAGTCGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990094
ATGGATTGGTTTCGCGGCGAGAAATTGGGGCACGGGAGTTTCGCGCAGGTGAATTTAGCGATTCCGAGAAGCCAGAGCTCGTTTCCTCAGCCGTTAATGGCGGTGAAGTCGTGCGGCGTTTATCTCTCCTCGTCGCTCGTCAACGAGAAATTCATACTGGAGGAGCTCAAGGATTGCCCGGAGATCATCCGTTGCTATGGAGACAGCTATTCGTGCGAGAACGGCGAGAAATTGTACAATGTGCTGCTGGAGTACGCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770284.1
MDWFRGEKLGHGSFAQVNLAIPRSQSSFPQPLMAVKSCGVYLSSSLVNEKFILEELKDCPEIIRCYGDSYSCENGEKLYNVLLEYASGGSLADKLKFSGDRTLPEPQVRRYTKALLRGLHYIHKFGYVHCDVKLQNILLSSDGSVKIADFGLAKRAGGAAAGGELRGTPMYMSPEMVAGSEQGAPADVWALGCVVAEMASGSPAWSCSDVAALLMRIGVGDEVPEIPGALSAEGRDFLEKCFVKDPRARWTAEMLLNHPF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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