当前解析结果
SmilChr06G002047| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002047 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002047 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002047 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 26870103 - 26872012 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990390 |
|---|---|
| GeneID | 130990390 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990390 |
| 原始查询 | SmilChr06G002047 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G28950 (AT5G28950)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833021] identity=47.1; qcov=0.49; evalue=4.35e-13; confidence=low |
| Rice | Os11g0577650- identity=54.4; qcov=0.399; evalue=1.83e-16; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990390 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770612.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057770612.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770612.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770612.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770612.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:26870321 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 47 | A10,A11,A19,A7,B103,B104,B109,B11,B110,B112,B113,B115,B12,B121,B13,B132,B138,B20,B41,B42,B43,B57,B60,B72,B73,B79,B8,B86,B89,B93,B95,B99,C1,C11,C16,C2,C3,C32,C34,C41,C51,C52,C68,C7,C82,D1,D6 |
Chr6:26870337 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,C43,D7 |
Chr6:26870343 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,C43,C74,D10,D7 |
Chr6:26870400 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A10,D1 |
Chr6:26870401 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr6:26870408 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,C43,C74,D10,D7 |
Chr6:26870417 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C48,C86 |
Chr6:26870729 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,C43,D7 |
Chr6:26871719 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr6:26871721 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr6:26871733 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B80 |
Chr6:26871733 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。