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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002047

染色体: Chr06 坐标: 26870103-26872012 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002047
名称SmilChr06G002047
描述uncharacterized SmilChr06G002047
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向26870103 - 26872012 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990390
GeneID130990390
locus_tag-
NCBI NameLOC130990390
原始查询SmilChr06G002047

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=low
产物hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G28950 (AT5G28950)
nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833021]
identity=47.1; qcov=0.49; evalue=4.35e-13; confidence=low
RiceOs11g0577650
-
identity=54.4; qcov=0.399; evalue=1.83e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990390

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770612.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057770612.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770612.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770612.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770612.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:26870321 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 47 A10,A11,A19,A7,B103,B104,B109,B11,B110,B112,B113,B115,B12,B121,B13,B132,B138,B20,B41,B42,B43,B57,B60,B72,B73,B79,B8,B86,B89,B93,B95,B99,C1,C11,C16,C2,C3,C32,C34,C41,C51,C52,C68,C7,C82,D1,D6
Chr6:26870337 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C43,D7
Chr6:26870343 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,C43,C74,D10,D7
Chr6:26870400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,D1
Chr6:26870401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr6:26870408 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,C43,C74,D10,D7
Chr6:26870417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,C86
Chr6:26870729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C43,D7
Chr6:26871719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:26871721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:26871733 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B80
Chr6:26871733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914629.1
CAAGTAAACACTACTTTGCTTAGCAAACTTGTCCAATTTATGTGTTTTGTAGGTGATTTATGATATAGCCTGGCCCGTTCTAAAATAACGGCCCGCCCTTAAATTCACTGTTCATTCGAGCATCTGATTGAGGGGCTCACCCTCGGTTCTATTTCCAGCATTGCTACAATGTACAAGCTAATATTTGGGTCTTCCAATTCTACCCCAAAATCAAGGTTCAAAAAAAGAAAATCTCATTTCCCTCTTTCATCTTCTAATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990390
ATGTACAAGCTAATATTTGGGTCTTCCAATTCTACCCCAAAATCAAGGTTCAAAAAAAGAAAATCTCATTTCCCTCTTTCATCTTCTAATTCGAATGAGCTCTATGTTCTTCGTCAAAGAGTGAAGACCCCGTTACTGCAGATCCCCTCCATAGGTGTGTCGGACCAAGGAATTGAAGATATCCGCTGTTTCTTCGTTGGTTGCACAATTAAGAGGACACGCAAGGGTCATATCTCGATGAACACCTTGGGAGTTTGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770612.1
MYKLIFGSSNSTPKSRFKKRKSHFPLSSSNSNELYVLRQRVKTPLLQIPSIGVSDQGIEDIRCFFVGCTIKRTRKGHISMNTLGVCDWNLKFVYVLSGWEGSAADSCILRDALNRPHGLRVPKGNIIFLTKIFCILDHNVIAA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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