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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002053

染色体: Chr06 坐标: 27053630-27054346 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002053
名称SmilChr06G002053
描述uncharacterized SmilChr06G002053
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向27053630 - 27054346 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990699
GeneID130990699
locus_tag-
NCBI NameLOC130990699
原始查询SmilChr06G002053

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=24.4; qcov=0.55; evalue=2.41e-09; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990699

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770910.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057770910.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057770910.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770910.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770910.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:27053647 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 6 A23,B134,B38,B42,B69,C33
Chr6:27053656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B15,C60,D8
Chr6:27053706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C60
Chr6:27053811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr6:27053870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr6:27053883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B18,B43,C17,C64
Chr6:27053893 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A20,B17,B30,B85,B86,C18,C37,C4,C86,C9
Chr6:27053910 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 47 A11,A15,A2,A5,B102,B119,B134,B24,B42,B43,B45,B57,B59,B66,B68,B73,B76,B79,B8,B80,B81,B87,B9,B91,B97,B99,C10,C11,C13,C14,C17,C20,C41,C52,C54,C6,C65,C7,C70,C72,C74,C81,D1,D2,D3,D5,D9
Chr6:27053922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B26,B39,C49
Chr6:27053936 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:27053941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B17,B86,C37,C86
Chr6:27053975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,A8,B84,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914927.1
ATGGCCAAGGATTGCAGCCCCACCAAGCTCAAGCAGCCACTGTCTTACGCAGTGGTAAGGTGGTGGACAACAAAGTGGAAGCCCCTGTGGAAGAACCCCCCAAAGGAAGCCCGCATGGAGGAGCAAGTAAAGGAGCCACTGCAGCCAAGAGAGGAGGAGAAGGAGAAGGAGTCCGAAGTGAAGCTCCACAAGGCTGTCAAGCCATATAAACCACCGGTCCCTTACCCGAGCCGGTTGAAGAATGAGAAGCTGGACCAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990699
ATGGCCAAGGATTGCAGCCCCACCAAGCTCAAGCAGCCACTGTCTTACGCAGTGGTAAGGTGGTGGACAACAAAGTGGAAGCCCCTGTGGAAGAACCCCCCAAAGGAAGCCCGCATGGAGGAGCAAGTAAAGGAGCCACTGCAGCCAAGAGAGGAGGAGAAGGAGAAGGAGTCCGAAGTGAAGCTCCACAAGGCTGTCAAGCCATATAAACCACCGGTCCCTTACCCGAGCCGGTTGAAGAATGAGAAGCTGGACCAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770910.1
MAKDCSPTKLKQPLSYAVVRWWTTKWKPLWKNPPKEARMEEQVKEPLQPREEEKEKESEVKLHKAVKPYKPPVPYPSRLKNEKLDQQFTDFYNMLAKVNVNLPLLDVIRNVPAYLKFFKELASKKRRFEDNEKILVSEVANSIMQQPLPPKQRDPGSFVINIALGNGKEASGMLDLGAGINLMPYSIFKQLELGNLKPTRMYLQLADRSVRYLRGVVEDILVRVGGLIVPVDFVVLEI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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