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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002057

染色体: Chr06 坐标: 27087413-27089181 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002057
名称SmilChr06G002057
描述uncharacterized SmilChr06G002057
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向27087413 - 27089181 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990701
GeneID130990701
locus_tag-
NCBI NameLOC130990701
原始查询SmilChr06G002057

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=36.5; qcov=0.421; evalue=1.94e-41; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990701

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770912.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057770912.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057770912.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770912.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770912.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:27087431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B136,B46,B82
Chr6:27087459 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B121,B136,C4
Chr6:27087459 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 B121,B136,C4
Chr6:27087461 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B1,C1,C3,C85
Chr6:27087461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,C1,C3,C85
Chr6:27087499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C59,D11
Chr6:27087519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr6:27087520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B21,B55,C5
Chr6:27087540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C83
Chr6:27087541 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B82,C24
Chr6:27087558 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B140,B53
Chr6:27087569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B62,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914929.1
ATGGCTAGAAGAAAAGATCTTTCTTCCTTTGAAAGAGCATCCATCATCCAATTCCTCCTTCAAGGTAGCAAAGATGGAAAACCTGGCAGAGGGAAGATGAGTGCAGCGGTGCAAAAGTGGAGCAGTTCGCGTAGAACGATTAGTCGACTTTGGGCAGCTGCAAAAAAACAAAGTGAAAGTGGTGAGGTAATTAGTTCTTTGAGCAAGAAAATGTTAAGACCAAGGAGAAAACTTGTAGAACTTGATTTACATTTGATTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990701
ATGGCTAGAAGAAAAGATCTTTCTTCCTTTGAAAGAGCATCCATCATCCAATTCCTCCTTCAAGGTAGCAAAGATGGAAAACCTGGCAGAGGGAAGATGAGTGCAGCGGTGCAAAAGTGGAGCAGTTCGCGTAGAACGATTAGTCGACTTTGGGCAGCTGCAAAAAAACAAAGTGAAAGTGGTGAGGTAATTAGTTCTTTGAGCAAGAAAATGTTAAGACCAAGGAGAAAACTTGTAGAACTTGATTTACATTTGATTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770912.1
MARRKDLSSFERASIIQFLLQGSKDGKPGRGKMSAAVQKWSSSRRTISRLWAAAKKQSESGEVISSLSKKMLRPRRKLVELDLHLIASLDLSKRSTIRRLACGIKCSKSTVGRWIKSGLIRAHSNAIKPDLTAPNKLLRLRFSLEALEYDRILRSLTFKSMHNTVHIDEKWFYITKTAQRFYLTPEEIEPHRTCKSKKFITKVMFMCAVCRPIFNSDGSCLFDGKIGIFPFTELVPAKRKSKNRAAGTMEWKPIQSITKQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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