当前解析结果
SmilChr06G002061| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002061 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002061 |
| 描述 | protein ALP1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 27110925 - 27112415 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990703 |
|---|---|
| GeneID | 130990703 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990703 |
| 原始查询 | SmilChr06G002061 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ALP1-like |
| 产物 | protein ALP1-like |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=34.6; qcov=0.896; evalue=2.45e-61; confidence=low |
| Rice | Os08g0106900- identity=38; qcov=0.993; evalue=3.99e-83; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990703 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770914.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057770914.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057770914.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770914.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770914.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:27110966 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C33,C83 |
Chr6:27110973 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C33,C83 |
Chr6:27111014 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B19 |
Chr6:27111046 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
Chr6:27111329 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C41 |
Chr6:27111357 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C41 |
Chr6:27111390 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,C41 |
Chr6:27111397 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B20,C18 |
Chr6:27111404 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B63,C87 |
Chr6:27111624 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 23 | A22,A23,B107,B121,B124,B29,B49,B63,B68,B71,B79,C32,C33,C48,C53,C60,C61,C65,C68,C71,C85,C86,C87 |
Chr6:27111660 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B66 |
Chr6:27111668 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770914.1PF26138
DUF8040 71-149 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 174-341 aa
PF04827
Plant_tran 174-344 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 181-342 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770914.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 71 | 149 | 1.5e-21 | 76.8 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057770914.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 174 | 341 | 9.4e-10 | 39.3 | Transposase DDE domain |
XP_057770914.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 174 | 344 | 1.2e-06 | 29.0 | Plant transposon protein |
XP_057770914.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 181 | 342 | 9.6e-24 | 84.5 | DDE superfamily endonuclease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。