当前解析结果
SmilChr06G002063| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002063 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002063 |
| 描述 | PI-PLC X domain-containing protein At5g67130 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 27121943 - 27126828 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988961 |
|---|---|
| GeneID | 130988961 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988961 |
| 原始查询 | SmilChr06G002063 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | PI-PLC X domain-containing protein At5g67130 |
| 产物 | PI-PLC X domain-containing protein At5g67130 |
| Arabidopsis | AT5G67130 (AT5G67130)PLC-like phosphodiesterases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836848] identity=75; qcov=0.813; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0115600- identity=68.1; qcov=0.875; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0008081 (phosphoric diester hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF26146 (PI-PLC_X) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988961 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057768932.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768932.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768932.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768932.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057768932.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:27122482 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B124,B84,C74,D10 |
Chr6:27122566 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr6:27124498 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr6:27124644 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C74,D10 |
Chr6:27124914 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B32,C49 |
Chr6:27124915 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,C43,D7 |
Chr6:27125032 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr6:27125195 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr6:27125234 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr6:27126386 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B47,C74,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768932.1PF26146
PI-PLC_X 112-332 aa
XP_057768933.1PF26146
PI-PLC_X 112-332 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768932.1 |
Pfam | PF26146 |
PI-PLC_X | Domain | 112 | 332 | 3.9e-19 | 69.9 | PI-PLC X 1 |
XP_057768933.1 |
Pfam | PF26146 |
PI-PLC_X | Domain | 112 | 332 | 3.9e-19 | 69.9 | PI-PLC X 1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
4 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。