当前解析结果
SmilChr06G002082| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002082 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002082 |
| 描述 | leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 27458234 - 27459046 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990708 |
|---|---|
| GeneID | 130990708 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990708 |
| 原始查询 | SmilChr06G002082 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| 产物 | leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990708 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770919.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770919.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057770919.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770919.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770919.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:27458253 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,C22 |
Chr6:27458266 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr6:27458336 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B20,B62,C80 |
Chr6:27458399 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B71 |
Chr6:27458425 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C22,C64,C66 |
Chr6:27458457 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B21,B5,B95,C50,D10 |
Chr6:27458477 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr6:27458479 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B71,B78,B92 |
Chr6:27458479 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B71,B78,B92 |
Chr6:27458502 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B1,B123,B40,C13 |
Chr6:27458510 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B48,B75 |
Chr6:27458524 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,B112,B77,C59 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。