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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002082

染色体: Chr06 坐标: 27458234-27459046 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002082
名称SmilChr06G002082
描述leucine-rich repeat extensin-like protein 1
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向27458234 - 27459046 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990708
GeneID130990708
locus_tag-
NCBI NameLOC130990708
原始查询SmilChr06G002082

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat extensin-like protein 1
产物leucine-rich repeat extensin-like protein 1
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990708

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770919.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770919.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057770919.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770919.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770919.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:27458253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C22
Chr6:27458266 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr6:27458336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B62,C80
Chr6:27458399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr6:27458425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C22,C64,C66
Chr6:27458457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B5,B95,C50,D10
Chr6:27458477 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr6:27458479 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B71,B78,B92
Chr6:27458479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,B78,B92
Chr6:27458502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B123,B40,C13
Chr6:27458510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,B75
Chr6:27458524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B112,B77,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914936.1
ATGATTAGTCACCGCTACTTTGTATTTGATGATCCCCCACCACCTCCTTATGATGCACCCCCTCCTCCGACAGATCCTTTTTCGATCTTACCTGCACCCCCAGTTGATGAGGTTCCGTATATTCCGGAGCCATTTGTGCCTGATAAGGCCGTTGCTTTTGAGCCCATTGTCCCGGATTCTGCTGTTCCAGAGTCGGGTATTCTGCAGACTGGATCGCCATATATGGATTTTGATCCATTTCATTATTTGACATTGATACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990708
ATGATTAGTCACCGCTACTTTGTATTTGATGATCCCCCACCACCTCCTTATGATGCACCCCCTCCTCCGACAGATCCTTTTTCGATCTTACCTGCACCCCCAGTTGATGAGGTTCCGTATATTCCGGAGCCATTTGTGCCTGATAAGGCCGTTGCTTTTGAGCCCATTGTCCCGGATTCTGCTGTTCCAGAGTCGGGTATTCTGCAGACTGGATCGCCATATATGGATTTTGATCCATTTCATTATTTGACATTGATACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770919.1
MISHRYFVFDDPPPPPYDAPPPPTDPFSILPAPPVDEVPYIPEPFVPDKAVAFEPIVPDSAVPESGILQTGSPYMDFDPFHYLTLIPFPSVDLPPWEPAPATAPLSLPHSEIIPPIPSPMLCTEYVTFDPYPRVTPLPEPGTLEFQHYMHPILYPPSRDAQEGPSHPIPIDSDDEDPDEETPEMIVGHGQTRPLRRRTTADGVDVWEPIPEPPVCYPMVDTDVEDETEDDDDSEETEPSEDEEIEPREDMTVDDAGSRVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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