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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002083

染色体: Chr06 坐标: 27475703-27476887 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002083
名称SmilChr06G002083
描述uncharacterized SmilChr06G002083
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向27475703 - 27476887 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990709
GeneID130990709
locus_tag-
NCBI NameLOC130990709
原始查询SmilChr06G002083

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990709

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770921.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770921.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770921.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770921.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770921.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:27475714 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A10
Chr6:27475714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr6:27475716 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 4 B12,B52,C61,D8
Chr6:27475716 GGT G 2bp_deletion CDS_variant 4 B12,B52,C61,D8
Chr6:27475726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B52,C61,D8
Chr6:27475741 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 28 A22,A5,B102,B109,B113,B125,B131,B138,B36,B51,B52,B53,B6,B72,B79,B88,C19,C26,C27,C53,C55,C66,C67,C72,C76,C77,C80,D2
Chr6:27475747 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 35 A22,A5,B1,B10,B107,B11,B130,B27,B28,B57,B63,B70,B77,B80,B93,B95,B98,C10,C11,C13,C18,C2,C27,C31,C4,C40,C43,C45,C50,C51,C58,C75,C78,D6,D9
Chr6:27475750 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A13,A16,A3,A4,B100,B17,B21,B46,B72,C20,C64,C71,C85,D1
Chr6:27475816 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A22,B12,B18,B34,B61,B85,C38
Chr6:27475828 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B57,B75
Chr6:27475828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,B75
Chr6:27475851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914938.1
ATGCCCCGTTCTTCTCGTATAGGCATATTAGTTTTTGATCCAGAAATCGAGAGGACCGCACGAAAGTTGAAGAAGCAAGCTAAGGAGTGGAAAAAGAGATCCAATTCTGCTCCATCAAGTCTTGAGGAACAACCAGAAATTGAAGTTCCAATGGATGACCGTGATGAGGACGATAGAGAGATCGTGGATCCTCGCCAGGAGAGACCTCAACTGATCAGAGAGTTAGGCCGTCATAGAAACAATCGCCCTTTGTGCATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990709
ATGCCCCGTTCTTCTCGTATAGGCATATTAGTTTTTGATCCAGAAATCGAGAGGACCGCACGAAAGTTGAAGAAGCAAGCTAAGGAGTGGAAAAAGAGATCCAATTCTGCTCCATCAAGTCTTGAGGAACAACCAGAAATTGAAGTTCCAATGGATGACCGTGATGAGGACGATAGAGAGATCGTGGATCCTCGCCAGGAGAGACCTCAACTGATCAGAGAGTTAGGCCGTCATAGAAACAATCGCCCTTTGTGCATTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770921.1
MPRSSRIGILVFDPEIERTARKLKKQAKEWKKRSNSAPSSLEEQPEIEVPMDDRDEDDREIVDPRQERPQLIRELGRHRNNRPLCISLPAINGNAEIRPGFIQVLPKFGDLPGESAHKHLAEFDLVCSTLRPHGFTENNLRLLTFSHTLQGRARDWLFDLPPGSIRTWGDLEEQFLRKLFPESRAANLRMAISSIKQKKAESLANYWERFQQLCRKCPDHGFSDYQLLTNYFYRGMSSFDRKIVDAACGGSLTNKTLDEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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