当前解析结果
SmilChr06G002092| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002092 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002092 |
| 描述 | heat shock factor protein HSF24 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 27818713 - 27822417 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988987 |
|---|---|
| GeneID | 130988987 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988987 |
| 原始查询 | SmilChr06G002092 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heat shock factor protein HSF24 |
| 产物 | heat shock factor protein HSF24 |
| Arabidopsis | AT4G36990 (HSF4)heat shock factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829853] identity=49.1; qcov=1.08; evalue=1.01e-77; confidence=high |
| Rice | Os09g0456800 (HSFB1)- identity=46.1; qcov=0.896; evalue=1.12e-63; confidence=high |
| GO | GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00447 (HSF_DNA-bind) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988987 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057768960.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768960.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768960.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057768960.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057768960.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:27819312 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,C82 |
Chr6:27821621 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,C36,C82 |
Chr6:27821666 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,C36,C82 |
Chr6:27821744 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr6:27821827 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 84 | A1,A13,A16,A22,A23,A6,A8,A9,B100,B102,B103,B104,B109,B111,B117,B119,B121,B122,B123,B127,B128,B129,B131,B133,B137,B18,B21,B35,B36,B4,B5,B54,B55,B56,B59,B6,B68,B71,B73,B74,B76,B79,B81,B85,B88,B9,B90,B92,B96,B99,C1,C11,C13,C18,C21,C22,C23,C26,C28,C29,C30,C34,C37,C40,C42,C50,C54,C58,C60,C65,C67,C69,C7,C75,C76,C78,C81,C83,C84,C85,C86,D11,D2,D5 |
Chr6:27821861 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768960.1PF00447
HSF_DNA-bind 10-99 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768960.1 |
Pfam | PF00447 |
HSF_DNA-bind | Domain | 10 | 99 | 1.1e-31 | 110.0 | HSF-type DNA-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。