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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002092

染色体: Chr06 坐标: 27818713-27822417 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002092
名称SmilChr06G002092
描述heat shock factor protein HSF24
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向27818713 - 27822417 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988987
GeneID130988987
locus_tag-
NCBI NameLOC130988987
原始查询SmilChr06G002092

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heat shock factor protein HSF24
产物heat shock factor protein HSF24
ArabidopsisAT4G36990 (HSF4)
heat shock factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829853]
identity=49.1; qcov=1.08; evalue=1.01e-77; confidence=high
RiceOs09g0456800 (HSFB1)
-
identity=46.1; qcov=0.896; evalue=1.12e-63; confidence=high
GOGO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF00447 (HSF_DNA-bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988987

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768960.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768960.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768960.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768960.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768960.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:27819312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C82
Chr6:27821621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C36,C82
Chr6:27821666 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C36,C82
Chr6:27821744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:27821827 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 84 A1,A13,A16,A22,A23,A6,A8,A9,B100,B102,B103,B104,B109,B111,B117,B119,B121,B122,B123,B127,B128,B129,B131,B133,B137,B18,B21,B35,B36,B4,B5,B54,B55,B56,B59,B6,B68,B71,B73,B74,B76,B79,B81,B85,B88,B9,B90,B92,B96,B99,C1,C11,C13,C18,C21,C22,C23,C26,C28,C29,C30,C34,C37,C40,C42,C50,C54,C58,C60,C65,C67,C69,C7,C75,C76,C78,C81,C83,C84,C85,C86,D11,D2,D5
Chr6:27821861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768960.1
269 aa
N
1
134
269
HSF_DNA-bind
C
PF00447 HSF_DNA-bind 10-99 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768960.1 Pfam PF00447 HSF_DNA-bind Domain 10 99 1.1e-31 110.0 HSF-type DNA-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912977.1
TTCTAGAACTCTTCCTCACTTTCTTTATACCGCCCCACTTATGTGTGTATATATATATATCATATTTTCTTTGCCTCCCACTATTCATTTAAATTCCCCACAATAACACGCCTCTGGATTAAAAATCCCCCAAAAATTCAGAATTTCGAAAGAATAATTTACTGAGTTTCTTCAAAGAAGGTATGATCGATCTCGGGATTGAAGAATATGAGAAGGCAAATGGAAGTTGCTGAGTTCGCAAAGTACGACGTCGTCCACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988987
ATGGCGCAGCGGTCAGTTCCGGCGCCGTTTCTGACGAAGACATATAATTTGGTGGACGATCCGGCCAGCGACGACGTCATCTCGTGGAACGAGGCTGGCACGGCGTTCGTGGTTTGGAAAACCGCGGAATTCGCCAAGGATTTATTACCGAATTATTTCAAGCACAACAATTTCTCCAGCTTCGTTCGTCAGCTTAATACCTATGGTTTCCGAAAAACCGTTCCAGACAAATGGGAATTTGCTAACGAAAACTTCAAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768960.1
MAQRSVPAPFLTKTYNLVDDPASDDVISWNEAGTAFVVWKTAEFAKDLLPNYFKHNNFSSFVRQLNTYGFRKTVPDKWEFANENFKRGQKELLVQIRRRKTATTTQNPANGRAGAGAGDNLASPATSGEDLGSSSTSSPDSKNPSSLETQATAQLADLSGENEKLRKDNQMLSYELAQTKKQCDELIAFLTQCVKVAPDEISHIMNLGAGYGNADCGDDEDNDENDKCMKLFGVVVKKKRGCCSGGGADLCGPHKKQMKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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