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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002095

染色体: Chr06 坐标: 27864348-27866497 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002095
名称SmilChr06G002095
描述uncharacterized SmilChr06G002095
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向27864348 - 27866497 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990715
GeneID130990715
locus_tag-
NCBI NameLOC130990715
原始查询SmilChr06G002095

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=27.1; qcov=0.411; evalue=2.44e-23; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990715

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770927.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057770927.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057770927.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770927.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770927.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:27864354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C77
Chr6:27864355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr6:27864378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C47
Chr6:27864408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr6:27864430 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr6:27864437 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 15 B103,B106,B133,B25,B50,B55,B71,B75,B86,C11,C3,C49,C69,C73,C9
Chr6:27864441 T TGC 2bp_insertion frameshift_variant 15 B103,B106,B13,B133,B25,B55,B71,B75,B86,C11,C3,C49,C69,C73,C9
Chr6:27864443 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C60
Chr6:27864443 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C60
Chr6:27864444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr6:27864447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr6:27864452 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 148 A10,A13,A14,A16,A20,A23,A3,A5,A9,B1,B10,B101,B104,B106,B107,B108,B110,B111,B114,B119,B12,B120,B123,B125,B126,B128,B130,B131,B133,B135,B136,B137,B139,B14,B15,B16,B19,B2,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B44,B45,B47,B48,B50,B51,B53,B55,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B75,B76,B78,B81,B82,B83,B84,B86,B89,B9,B91,B95,B96,B97,C10,C12,C13,C15,C18,C19,C2,C20,C25,C27,C28,C29,C31,C32,C35,C38,C39,C4,C43,C46,C47,C49,C5,C50,C52,C53,C55,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C68,C71,C72,C73,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C83,D10,D11,D3,D4,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914944.1
ATGGCCCGCTTTGAGGGTTTAGCCGCGCTGCATCAGTATGGGGAGGGAATCAAATGCAGGATCTTCGCCACAACTCTGTCAGGAATGGCTCAGCGGTGGTTTCACAACCTGAGAAGCAACTCTATCCAATCCTATGGTGATCTTTACCTCATGTTCATGAGACAATTCGCTAGCGCAAAGAGGGTAGGGAGAACGGCCATTTCTTTAATGAACATTAGACAGGAACCACAGGAAACGCTTCGCGAATATGTGGCCAGGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990715
ATGGCCCGCTTTGAGGGTTTAGCCGCGCTGCATCAGTATGGGGAGGGAATCAAATGCAGGATCTTCGCCACAACTCTGTCAGGAATGGCTCAGCGGTGGTTTCACAACCTGAGAAGCAACTCTATCCAATCCTATGGTGATCTTTACCTCATGTTCATGAGACAATTCGCTAGCGCAAAGAGGGTAGGGAGAACGGCCATTTCTTTAATGAACATTAGACAGGAACCACAGGAAACGCTTCGCGAATATGTGGCCAGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770927.1
MARFEGLAALHQYGEGIKCRIFATTLSGMAQRWFHNLRSNSIQSYGDLYLMFMRQFASAKRVGRTAISLMNIRQEPQETLREYVARFCIIALDIPEAESQIKWYAFTRGLKQGPLFEALQIKPPTSFEDIMTIISGYLQLEDAKMARKAEADKLKLKKQDSADTGEKYITRNPYRGLPLRIPTMAVETEAVPLIAAQSERREERSGYRDDLQNQTQWNRHIDEIFHQIKEENYFRAPKDYHSGAPKPGRNNLLCEYHNRY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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