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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002112

染色体: Chr06 坐标: 28207590-28208069 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002112
名称SmilChr06G002112
描述uncharacterized SmilChr06G002112
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向28207590 - 28208069 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990719
GeneID130990719
locus_tag-
NCBI NameLOC130990719
原始查询SmilChr06G002112

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990719

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770930.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057770930.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770930.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770930.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770930.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:28207593 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 36 A1,A10,A20,A7,B105,B108,B128,B129,B131,B132,B138,B2,B26,B33,B40,B45,B46,B48,B69,B7,B80,B85,B91,C1,C23,C39,C42,C46,C52,C53,C54,C60,C68,C79,C82,D11
Chr6:28207595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B106,B44,C6,D5
Chr6:28207614 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C60
Chr6:28207615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr6:28207652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C80
Chr6:28207671 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 206 A13,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A9,B1,B10,B101,B104,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B17,B19,B2,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B55,B57,B58,B59,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,C10,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C30,C31,C32,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C53,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C68,C70,C71,C72,C73,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C83,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D9
Chr6:28207707 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 34 A10,A20,B105,B108,B114,B12,B128,B129,B131,B134,B136,B2,B25,B45,B48,B69,B7,B74,B80,B85,B91,C1,C12,C32,C42,C46,C50,C52,C53,C54,C80,C82,D11,D9
Chr6:28207755 G GAC 2bp_insertion frameshift_variant 5 B137,C23,C31,C45,D6
Chr6:28207755 G GAC 2bp_insertion CDS_variant 5 B137,C23,C31,C45,D6
Chr6:28207759 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 5 B137,C23,C31,C45,D6
Chr6:28207759 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 5 B137,C23,C31,C45,D6
Chr6:28207833 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 58 A1,A10,A13,A14,A20,A21,A7,B102,B112,B115,B118,B123,B125,B128,B138,B14,B2,B21,B27,B31,B47,B48,B52,B59,B67,B68,B69,B72,B76,B79,B83,B85,B90,B91,B92,C1,C11,C17,C2,C30,C46,C52,C56,C58,C60,C65,C69,C72,C78,C79,C81,C83,C84,C87,D1,D11,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914947.1
ATGTCCCCTTTCAGGCTGCTCTATGGAAAAATGTGTCATCTACCTGTGGAGATTGAACATAAGGCGTACTGGGCAATTAAACAAATAAACCTCAGTATGAGTCTAGCTGGAGAAACACGAAAGCTGCAGTTGAGTGAGTTGGAAGAGCTTCGGTTGGAGGCTTACGAAAATGCTGTGCTCTATAAGGAGCGAACCAGGAGAATCCATGATGCCAAGATCAGGAAGAAGGAATTCTGGGTAGGACAAAGGGTCTTACTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990719
ATGTCCCCTTTCAGGCTGCTCTATGGAAAAATGTGTCATCTACCTGTGGAGATTGAACATAAGGCGTACTGGGCAATTAAACAAATAAACCTCAGTATGAGTCTAGCTGGAGAAACACGAAAGCTGCAGTTGAGTGAGTTGGAAGAGCTTCGGTTGGAGGCTTACGAAAATGCTGTGCTCTATAAGGAGCGAACCAGGAGAATCCATGATGCCAAGATCAGGAAGAAGGAATTCTGGGTAGGACAAAGGGTCTTACTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770930.1
MSPFRLLYGKMCHLPVEIEHKAYWAIKQINLSMSLAGETRKLQLSELEELRLEAYENAVLYKERTRRIHDAKIRKKEFWVGQRVLLFNSHFKLMAGKLRSKWSGSFVIKEIFSNGSIEVYDHNGVDTFVVNGHRLKPYHELAEVEKEKEECHLLDPMYE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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