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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002119

染色体: Chr06 坐标: 28398869-28419858 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002119
名称SmilChr06G002119
描述uncharacterized SmilChr06G002119
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向28398869 - 28419858 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989004
GeneID130989004
locus_tag-
NCBI NameLOC130989004
原始查询SmilChr06G002119

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NifS; symbol=NifS; hit=Os11g0209900; species=rice; confidence=high
产物NifS; symbol=NifS; hit=Os11g0209900; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT1G08490 (CPNIFS)
chloroplastic NIFS-like cysteine desulfurase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837370]
identity=23.8; qcov=0.484; evalue=6.22e-07; confidence=weak
RiceOs11g0209900 (NifS)
-
identity=50.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00266 (Aminotran_5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989004

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057768969.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057768969.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057768969.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768969.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768969.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:28400724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B40,B76,B9,C38
Chr6:28400906 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 2 A14,B97
Chr6:28400906 T TAA 2bp_insertion CDS_variant 2 A14,B97
Chr6:28400981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C27
Chr6:28401736 G GAC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B10
Chr6:28401736 G GAC 2bp_insertion CDS_variant 1 B10
Chr6:28401896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B122,B68,C65
Chr6:28401912 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 24 A10,B10,B135,B2,B25,B27,B33,B38,B39,B44,B51,B78,C31,C4,C55,C57,C6,C62,C64,C66,C73,C78,C8,D9
Chr6:28401987 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 6 A8,B122,B4,B55,B68,C65
Chr6:28404025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:28404279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr6:28404348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768969.1
609 aa
N
1
304
609
Aminotran_5
C
PF00266 Aminotran_5 86-510 aa
XP_057768970.1
607 aa
N
1
304
607
Aminotran_5
C
PF00266 Aminotran_5 84-508 aa
XP_057768971.1
607 aa
N
1
304
607
Aminotran_5
C
PF00266 Aminotran_5 84-508 aa
XP_057768972.1
607 aa
N
1
304
607
Aminotran_5
C
PF00266 Aminotran_5 84-508 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768969.1 Pfam PF00266 Aminotran_5 Domain 86 510 2.5e-36 126.2 Aminotransferase class-V
XP_057768970.1 Pfam PF00266 Aminotran_5 Domain 84 508 2.4e-36 126.2 Aminotransferase class-V
XP_057768971.1 Pfam PF00266 Aminotran_5 Domain 84 508 2.4e-36 126.2 Aminotransferase class-V
XP_057768972.1 Pfam PF00266 Aminotran_5 Domain 84 508 2.4e-36 126.2 Aminotransferase class-V

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912987.1
ATTCTGCATCTGTTCAACCGACGCCATACTCCAGCTATGCATCTGTTCAACCCACCCCATAGCCCATACTCCAGCTATGCATATGTTCAATCAACCCCATACGTAATACTCTTCACACCTACCTTCTACTATTCACTTCTTCTTCTTTAAAAAGAAGTATCACACTCAACACAAAAATTTTACCCAGCTCAAGAAATTTCAAACGGTATGCTTCTCCCCTCATCAAATCATTTTTCTGCAATTCATTTCAGACTCCTTAA...
XM_057912988.1
ATTCTGCATCTGTTCAACCGACGCCATACTCCAGCTATGCATCTGTTCAACCCACCCCATAGCCCATACTCCAGCTATGCATATGTTCAATCAACCCCATACGTAATACTCTTCACACCTACCTTCTACTATTCACTTCTTCTTCTTTAAAAAGAAGTATCACACTCAACACAAAAATTTTACCCAGCTCAAGAAATTTCAAACGAAATCAACCAACAGAATTTGTAGAAAGGTTCTACTTTAAACTTCTTTAACTTCAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130989004
ATGCAGATGAGATTTGAATGCCACCATCATCATGATGCTCCAAGTTACGGAGTTGATCAAGATCTCAACGATGATGATGTCGCCCATCATCATTATCATGATAAAGTCAACCATGAGATTCAACCATTTCATATTATTGGAAGAGGAGTGCCGAAAAGCAACGACTCCACTCCAAGGAAACTCAGGTGGTTGCGCTCTCAAATCATCGGCGGCTCAGCTGAATTCGATACTCCTTTTGGGCGGCGCCAACTCACTTACGC...
LOC130989004
ATGAGATTTGAATGCCACCATCATCATGATGCTCCAAGTTACGGAGTTGATCAAGATCTCAACGATGATGATGTCGCCCATCATCATTATCATGATAAAGTCAACCATGAGATTCAACCATTTCATATTATTGGAAGAGGAGTGCCGAAAAGCAACGACTCCACTCCAAGGAAACTCAGGTGGTTGCGCTCTCAAATCATCGGCGGCTCAGCTGAATTCGATACTCCTTTTGGGCGGCGCCAACTCACTTACGCCGATCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057768969.1
MQMRFECHHHHDAPSYGVDQDLNDDDVAHHHYHDKVNHEIQPFHIIGRGVPKSNDSTPRKLRWLRSQIIGGSAEFDTPFGRRQLTYADHTASGRSLHYIENYITTKLLPFYGNTHTSDSHVGYHTTTMVHEATNYVKRCLGGGKEDSIMFCGSGSTAAIKRLQEVMGITVPSILRERVLKCISKEVRWVVLVGPYEHHSNLLSWRQSLAEVVEIGLDHRGHIDMEALRKKLSFYRNEKRKILGSFSACSNVTGIITNTRA...
XP_057768970.1
MRFECHHHHDAPSYGVDQDLNDDDVAHHHYHDKVNHEIQPFHIIGRGVPKSNDSTPRKLRWLRSQIIGGSAEFDTPFGRRQLTYADHTASGRSLHYIENYITTKLLPFYGNTHTSDSHVGYHTTTMVHEATNYVKRCLGGGKEDSIMFCGSGSTAAIKRLQEVMGITVPSILRERVLKCISKEVRWVVLVGPYEHHSNLLSWRQSLAEVVEIGLDHRGHIDMEALRKKLSFYRNEKRKILGSFSACSNVTGIITNTRAVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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